根据《地质遗迹保护管理规定》，具有重大科学研究和观赏价值的岩溶等奇特地质景观，应当予以保护；被保护的地质遗迹是国家的宝贵财富，任何单位和个人不得破坏、挖掘、买卖或以其他形式转让。
一些地方还通过地方立法保护钟乳石资源。如《广西壮族自治区钟乳石资源保护条例》规定：钟乳石资源属于国家所有，禁止任何组织或者个人侵占、破坏、擅自开采或者非法经营；进入洞穴的旅游者和其他人员不得损坏钟乳石。《湖南省武陵源世界自然遗产保护条例》规定，禁止损毁、窃取钟乳石等洞穴沉积物。
近年来岩溶洞穴保护已经开始受到重视，一些破坏行为得到缓解，但溶洞保护还存在“家底不清”、开发保护边界不明等问题。
“溶洞并非不能开发利用，但是要科学合理。”业内专家表示，洞穴旅游、洞穴餐饮、洞穴藏酒等商业活动是目前洞穴开发的主要形式。但是，洞穴开发项目没有专门的环评手续，项目能否审批，各地标准不一。
中国地质大学（北京）教授张建平接受媒体采访时表示，应尽快摸清溶洞“家底”。对于不在地质公园范围内的溶洞，应该由当地自然资源部门负责管理，组织专业队伍对溶洞资源的分布及现状进行系统调查，采取分类管理保护措施。对不适合人类进入的溶洞，可予以封闭；有旅游价值的溶洞，可在做好保护措施的前提下开发，在开发中进行保护。
张远海等专家认为，应尽快完善相关法律法规，全面推进溶洞的生物多样性、水文系统、生态系统等方面的保护工作。同时，还应建立预防性司法制度，对易被破坏、价值较高的溶洞建立监测点和警示点，并通过科普等方式提升公众自觉保护溶洞的意识。
专家提醒，公众应提高溶洞保护意识，提倡科学探洞，杜绝倾倒垃圾、破坏溶洞、私挖盗采钟乳石等行为。