1999年
首届海峡两岸（福建漳州）花卉博览会举办
1999年1月18日，第一届海峡两岸（福建漳州）花卉博览会在漳州市漳浦县长桥马口闽南花卉批发市场开幕。本届花博会由福建省人民政府主办、漳州市人民政府承办、各地市和省直有关部门协办，在全国首开海峡两岸花卉界直接交流的先河。
2000年
两岸花商首次联手参与办会
与首届相比，第二届花博会因为有中华盆花发展协会、台商花卉业者联谊会、新加坡花商公会和中国花卉报社的参与联办，实现了两岸花商共同办会、携手发展花卉业的初衷。同时，本届博览会除了漳浦马口闽南花卉批发市场的主会场外，还增设芗城花卉与装饰园、龙文园艺观赏园、龙海百花园、南靖国兰园4个分会场。
2001年
全国第一家现代化“花卉超市”问世
在第三届海峡两岸（福建漳州）花卉博览会的会场内，占地1万平方米、可容纳30万盆花卉的全国第一家现代化“花卉超市”建成投用。此外，本届花博会还开通了“漳州花卉博览会网站”，首次采用网上招商，仅1个多月，到花卉大世界网站访问的人数达3500多人次。
2003年
园区扩建到7800多亩
在政府支持下，福建漳龙实业有限公司以其市场化运作领办本届花博会，并提出构筑“东南花都”的全新理念。花博园由原来的600余亩扩建到7800多亩，比上届面积扩大10倍。
2004年
花博会升格为国家级花事经贸盛会
2004年，第六届海峡两岸（福建漳州）花卉博览会由前五届的福建省人民政府主办升格为国务院台湾事务办公室、国家林业局和福建省人民政府共同主办，标志着花博会由原来的区域性花事活动发展为全国性花事经贸盛会。花博会成为集花卉、园林、旅游、观光、休闲、娱乐、文化技术交流、经贸合作为一体的广义博览会。
2005年
首次开辟台湾馆
2005年，第七届花博会定名为“第七届海峡两岸（福建漳州）花卉博览会暨农业合作洽谈会”。与往届最大不同的是，本届花博会暨农洽会的合作范围由原来的花卉产业拓展至整个农业领域，首次开辟台湾馆，首次增设闽台农业合作成果展，全面展示海峡两岸农业合作试验区的建设成果。
2007年
中国蘑菇节加入
首届中国蘑菇节暨食用菌产品订货会在东南花都举行企业经贸对接洽谈会，这不仅是第九届海峡两岸花卉博览会暨农洽会的一个重要活动，还是我国首次以蘑菇为主题的国际专业行业会议。会上，来自国内外160多家食用菌进出口企业与漳州市签下总量达15万吨、总货值达15.6亿元的食用菌产品购销订单。
2009年
增加海峡两岸现代农业博览会
2009年，海峡两岸花卉博览会在成功举办十届的基础上，拓展增加了海峡两岸现代农业博览会。本届博览会上，台湾农工商协会台商服务中心入驻仪式在漳州东南花都举行，共有22家台湾农工商协会在服务中心设立联络处，此举有利于加强漳州乃至整个海西地区与台湾农工商协会的沟通与联系，有利于促进两岸产业对接和深入发展。
2013年
新增美丽乡村博览会
2013年新增福建（漳州）美丽乡村博览会、闽台地理标志商标研讨会和海峡两岸（漳州）工业设计科技创新大赛等活动。
2015年
首次有当代艺术展加入
2015年“花&样·入梦生花：两岸当代艺术交流展”在漳州蚁巢美术馆开展。这是农博会·花博会首次有当代艺术展加入，展出海峡两岸17位当代艺术家的80余件作品。
2016年
新设美丽乡村展区
2016年新设美丽乡村展区，以“乡村让生活更美好”为主题，利用博览会平台宣传推介“漳州市十大最美乡村游”，将农业、旅游和新农村建设有机结合起来，展示漳州市农村的旅游产品、民俗风情、特色文化。
2017年
首设“一带一路”展区
2017年举办首届海峡两岸人才与项目对接会暨“生态+漳州味食品”产业人才对接活动，首设“一带一路”展区，邀请17个沿线国家60多家企业参展。
2018年
增设改革开放40周年主题展示区
2018年，时值改革开放四十周年之际，精心设置三角梅主题展、绿色品牌农业展区、20周年庆主造景区、改革开放40周年主题展示区等精品展区。
2019年
突出绿色生态高质量发展
围绕实施乡村振兴战略，突出绿色生态高质量发展，布置了花卉、茶王、农业产业龙头企业、老区苏区脱贫奔小康、台湾、“一带一路”等十大展区。展会共吸引了20多个国家、全国20多个省份以及台湾地区的1100多家企业参展、2000多名客商参会。
2023年
在厦门漳州两地同时举办
2023年，本届博览会在厦门国际会展中心举行，其中花卉展区设在漳州东南花都花博园，全面突出对台交流合作、突出展示精品新品、突出展示展销实效。
⊙本报记者 蔡柳楠 吴静芳 整理