按照明代卫所制度配祀建筑规定，海防卫所都要奉诏建天妃庙。铜陵龙吟宫，为铜山水寨佑祀建筑的标配之一，明洪武二十四年（1389年）由江夏侯周德兴在西门澳建“龙吟宫”，后称天后宫，这是铜山第一座妈祖庙。清乾隆《铜山志》载：“水寨庙祀最为崇宏，称曰：大宫。”历经多次修葺，现建筑形制基本保留明清风格。该建筑为单檐歇山、抬梁式木结构，由庙埕、旗杆座、拜台、梳妆台、前殿、大殿、回廊、厢房、小天井组成，占地面积1500平方米，建筑面积500平方米，现为福建省文物保护单位，被列入福建省重点涉台文物保护单位。
这座缘系海峡两岸的天后宫，与澎湖天后宫、台南大天后宫有着水乳交融、密不可分的渊源关系，见证着东山与台湾民间信仰文化融合。
妈祖铜山分灵过台湾
明朝肇建之初，东南海疆经历了前所未有的多事之秋，为抗击倭寇的侵扰，明太祖朱元璋先后派出多位重臣往东南沿海经略海防，一方面厉行海禁，一方面着手筹划海防建设。在这样的历史背景下，江夏侯周德兴将军奉命前往福建督建卫所，在铜山建千户所城和铜山水寨，铜山成为防倭抵寇的海防前线。
《台湾事典》文献记载：“明万历年间，朝廷颁令实行‘内地水师营分兵丁轮班戍守’制度。”万历二十五年（1597年），明廷正式设立澎湖游兵，春秋汛守，调铜山、浯屿等水寨官兵分班轮戍，屯驻澎湖，据险戍守。负责游戍澎湖及闽南粤东沿海边防的官兵每出海游戍，必到龙吟宫焚香祈祷,包炉丹护身，后来更将香火分灵请入澎湖建庙奉祀并衍播入台，故自古有“妈祖铜山过台湾”之说。
康熙元年（1662年）郑成功收复台湾，赶走了荷兰人，在台湾设立东宁府，管理台湾。不久，郑成功去世后，郑经继位。他继承父亲“匡扶大明”的遗志，继续反清，决定迎请明宗室宁靖王朱术桂到台湾任监军。
清康熙三年（明永历十八年，1664年）二月，郑军在节节败退和粮尽的情况下，诸将开始陆续降清，守南澳护卫左镇杜辉又从揭阳港投诚，郑军重镇之地南澳便为清军所占。《台湾通史·卷二》：忠振侯洪旭告诉郑经：“金、厦新破，人心不一，铜山必难保守。今各镇纷纷离叛，日报无宁晷。当速过台湾！苟迁移时日，恐变起时腋，悔无及矣！”
在金厦二岛被清军攻占后，郑经与洪旭等率宁靖王、泸溪王、鲁王世子、巴东王等诸明朝宗室及同乡仕绅等800多人被迫退到铜山，而后东渡台湾。《台湾郑氏始末·卷五》：“宁靖王、泸溪王、鲁世子、巴东王诸宗臣及故臣王忠孝、辜朝荐、沈佺期、郭贞一、卢若腾、李茂春等从经东渡。”于三月初十抵达台湾。宁靖王朱术桂到台湾后，郑经在承天府府署（今台南市赤崁楼）旁的西定坊建造宁靖王府邸，作为明室的宗人府（即一元子别馆），并供岁禄。《铜陵天后宫碑记》也载有：“宁靖王朱术桂虔心分请铜陵关帝庙、龙吟宫、真君宫神灵香火过海，于台南靖王府中建庙立祀。”
靖海侯建台南天后宫
康熙二十二年（1683年），朝廷命靖海侯施琅将军进攻台湾。6月13日靖海侯誓师铜陵，祭江西门澳，独提标署右营游击蓝理挺身出领“先锋银锭”，确定由蓝理担任先锋。6月14日施琅率领水师大军2万余人，大小战船300余艘，挥师澎湖。成功统一台湾，结束了两岸的分裂局面，实现了康熙大帝一统江山的夙愿。
施琅率军攻台，明郑选择投降。宁靖王朱术桂闻讯表示：“时逢大难，全发冠裳，归报高皇。生事毕矣，无愧无怍！”毅然以身殉国，成了明朝最后一个忠诚于国家殉国的王爷。同年八月，施琅在宁靖王府邸接受郑克塽投降。靖海侯仁者心动，“降幡既受，兵不血刃；元黄壶浆，欢呼动地”。
施琅征台的胜利固然取决于他卓越的军事领导才能，还有全体将士的英勇奋战。但在征台获捷的过程中，施琅深感处处都有妈祖神助之迹。诚如妈祖显灵辅佑戎师、神助克敌、涌泉济师……“将士咸谓恍见天妃如在其上，如在其左右”，遂得台湾全岛投诚。又如，澎湖六月间常有飓风，施琅抵达澎湖后竟十余天海不扬波，二十二日进师“午刻潮涨多四尺”。施琅认为“莫非上天垂祐，皇上弥天之福”，才能有此大捷。鉴于台湾人民对于妈祖的信仰，施琅将平定台湾的功劳归功于妈祖。为收复民心，施琅大力推崇妈祖信仰，上奏加封妈祖为天后、宁靖王府改建为天妃宫。
施琅同各将领带头捐俸，由镇台总兵吴英鸠工将南明宁靖王府鼎建为天妃宫，保留明末宁靖王府原建筑格局，为台湾绝无仅有的明代官府建筑，前祀宁靖王从铜山分灵来台的海神圣母，后奉观音大士，时称东宁天妃宫，其规模已形成有戏台、正殿、后殿和僧寮等建筑群，并刻石《平台纪略碑记》立于庙内。碑文记录靖海将军施琅攻台经过、安抚民心及善后处理：“余仰体皇上好生之仁，以八月望日直进鹿耳门，赤嵌泊舰，整旅登岸受降，市不易肆，鸡犬不惊。乃下令曰：‘今者提师跨海，要在平定安集。纳款而后，台人即吾人；有犯民间一丝一枲者，法无赦！’士无乱行，民不知兵。乃礼遣王入京，散其难民尽归故里，各伪官兵载入内地安插。公事勾当，遂以子月班师。奏请于朝，为置郡一、县三，分水陆要地，设官兵以戍之，赋税题减其半。夫炎徼僻壤，职方不载。天威遐播，遂入版图。推恩陶俗，销兵气以光文治，端有望于官斯土者，是不可以无记。”
翌年，康熙褒封妈祖为“天后”，东宁天妃宫改称为“大天后宫”，成为台湾最早官建的妈祖庙，也是明清以降全台第一座官建的妈祖庙。台南大天后宫红色的大门没有彩绘门神，而是饰以门钉72颗，彰显祀典官庙及妈祖崇高神格。“妈祖庙栋宇尤为壮丽，后有禅室，付主持僧奉祀。”这时的天后宫，在地方官的捐赠之下，拥有香灯园21甲，年收租谷125石。
康熙五十九年（1720年），台南大天后宫列入官方春秋祭典，故称“祀典天后宫”，且只限官员、绅商参与，自此奠定了其尊贵地位。步入大门朝里望去，最深处香烟缭绕，金黄色帷幕下的全身妈祖神像，尤为引人注目。
台南大天后宫历经近500年的重建、扩建、修葺，规模愈大。殿宇宏敞，丹楹粉壁，雕镂颇为精细。据《台湾风物志》载：“大天后宫规模宏大，庙貌巍峨。正殿正中供奉湄洲妈祖全身，两侧配祀千里眼、顺风耳二将，旁配四海龙王、水仙尊王等，皆是与航海、救难有关的神祇。第二进后面有一个水井，叫做‘龙目井’，至今仍有甘泉。各殿布置雅洁，具古宫殿气派，石雕、木雕的柱、窗、梁等等都具艺术价值。尤其正殿前丹墀石壁有四个龙头鳌头，更是别庙所罕见的艺雕精品。”
台南大天后宫因地位崇高，故历代名人所敬献的匾额不胜枚举，尤其历代帝王御笔亲题的匾额，其中以康熙御匾“辉煌海澨”、雍正的“神昭海表”、乾隆的“佑济昭灵”、嘉庆的“海国安澜”、道光的“恬波宣惠”、咸丰的“德侔厚载”，以及光绪钦赐御匾“与天同功”等，最具有历史价值。所有建筑内的雕塑均为当时特聘福建名技师精心雕刻，极尽古雕刻艺术之美。正殿为传统抬梁式硬山顶架构；拜殿拥有台湾最高大的卷棚式屋架，不用一钉，极致发挥传统建筑力学；石刻部分大多集中在三川殿，雕刻细腻连石阶都有不多见的龙首雕纹，令人不由驻足。新建的妈祖梳妆楼原本是成为废弃民宅的宗人府遗址，内置妈祖床、盥洗台、梳妆台、矮柜、衣柜、太师桌椅，还有一座镇南妈专属神轿。庙内的《平台纪略碑记》，是台湾地区迄今保存最早的清代碑刻。
台南大天后宫分灵庙遍布台湾各地，并以其得天独厚的人文景观，名扬海峡两岸，1985年被列为台湾地区第一级古迹。
如今，铜陵天后宫与台澎多座天后宫建立文化交流合作平台，吸引众多台胞前来认祖、朝拜和观光。