泌尿外科
漳州市医院泌尿外科是福建省省级临床重点专科，同时，也是国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、中国前列腺癌全程化诊疗建设中心、前列腺癌诊疗一体化中心单位，学科影响力连续两年入围中国医院竞争力（艾力彼）排行榜地级城市医院-泌尿外科30强。
科室以规范化诊疗为基础，以创新和发展为理念，系统开展泌尿外科及男科常见病、多发病、疑难病症、急危重症疾病的诊断和治疗。年手术量3500余例，其中泌尿系统肿瘤、泌尿系结石、前列腺肿瘤、前列腺增生的手术全部为经内镜和腹腔镜微创手术。
普通外科
普通外科是漳州市医院最早一批福建省省级临床重点专科之一，经过多年的发展，如今已拓展为肝胆疝外科、胆胰脾外科、甲状腺外科、血管外科、结直肠肛门外科、胃小肠软组织肉瘤外科、乳腺外科、小儿外科等多个学科，科室业务技术发展迅速，熟练开展普通外科各类复杂手术，常规开展胃肠道、肝胆胰脾、乳腺、甲状腺等良、恶性肿瘤规范治疗以及微创化治疗，同时开展急腹症、腹部外伤、腹壁疝的微创治疗，成功救治多例极危重患者，整体居于漳州市先进水平。
儿科
漳州市医院儿科位于龙文院区，是福建省省级临床重点专科。设有神经、心血管、血液、风湿肾脏、消化、呼吸、内分泌、儿童保健、急诊以及PICU、NICU、新生儿科等12个亚专业，成立儿童神经科、儿童呼吸科、儿童心肺消化科、儿童血液风湿肾科、儿童重症监护室、新生儿重症监护室、新生儿科、儿童生长发育科等8个专科，每个学科均配有学科骨干，人才梯队结构合理，能处理各种儿科疑难危重症诊治。目前已成为国家级住院医师规范化培训基地，是国家级二级癫痫中心成员、福建省新生儿救治分中心、福建省儿童医疗救治分中心。
神经外科
漳州市医院神经外科是福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科。学科分设10个亚专科，均配有学科骨干，学术及业务梯队结构合理，能独立高效处理各种神经外科疑难危重病症。每年完成神经外科手术3000余例，技术难度及广度在省内排名前列。目前该科已获批成为国家卫生健康委能力建设和继续教育中心神经介入进修与培训基地、国家脑卒中筛查与防治基地医院、五星级高级卒中中心、国家心脑血管病联盟成员单位。
胸心外科
漳州市医院胸心外科为福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科。科室专业人才年轻化程度高，拥有高清3D胸腔镜、纵隔镜、纤维支气管镜等高端设备，有1间心脏体外循环手术间。科室胸部微创手术一直走在全省前列，同时也开展了“深低温停循环夹层动脉瘤切除+人工血管置换三分支支架血管植入术”“心脏双瓣膜置换+巨大左心房折叠术”、右腋下小切口体外循环小儿室缺修补术等各种高难度心脏手术。
血液内科
漳州市医院血液内科是福建省省级临床重点专科，也是国家药物临床试验基地，闽南地区影响力最大的血液病诊疗中心之一。科室现有医师20名，其中主任医师5名、副主任医师4名、博士生导师1名、硕士生导师4名、享受国务院政府特殊津贴专家1名。病区设有87张床位，其中包括4间百级无菌层流病房、6张百级无菌层流床。科室年住院病人6000余人次，年门诊数60000余人次。在2016年度中国医学科学院主办的中国医院科技综合影响力评价中荣获福建省医院科技影响力第二名。
医学影像科
漳州市医院医学影像科是福建省省级临床重点专科，由医学影像科、超声医学科组成。科室开展的业务包括普通X线摄影（包括钼靶，各种造影，骨密度等）、CT扫描以及磁共振成像等各项检查；科室规模（包括专业人员数、设备数量及档次以及日常各项检查量）位列全省地市级医院前列。科室专业技术力量雄厚，专业分组齐全，影像检查及影像诊断质量优异，受到各级专家好评。
呼吸内科
漳州市医院呼吸与危重症医学科是福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科，漳州市呼吸病学分会主任委员挂靠单位，漳州市基层呼吸联盟挂靠单位，GCP试验（医学临床试验）单位。科室现有3个病区160张床位，设有RICU（呼吸重症监护室）、气管镜室、肺功能室、睡眠监测室等。
骨科
漳州市医院骨科是福建省省级重点专科、漳州市市级重点专科。随着学科的发展，骨科逐渐形成创伤骨科、骨关节运动肿瘤科、脊柱骨科三个亚专业方向，负责临床理论教学、实习教学、规范化培训带教任务。开展了双髋、双膝置换术及高难度翻修术等治疗及骨关节运动损伤疾病相关治疗。
重症医学科
漳州市医院重症医学科是福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科、漳州市重症医学质量控制中心挂靠单位、福建省肺移植联盟成员单位、福建省急危重症规范化培训基地。分为内科监护室（内科ICU）和外科重症监护室（SICU），内科监护室是漳州地区规模最大的内科危重病救治中心，外科重症监护室由胸心外科专业组医师负责诊疗工作，担负着全市大部分危重病患者的救治任务，广泛开展危重症专业的各项临床业务。
肿瘤科
漳州市医院肿瘤科是福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科。肿瘤科包括肿瘤内科和肿瘤放疗科，是国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地，也是肿瘤放疗规范化营养支持治疗示范病区，以及肺癌放疗“双精准”规范化诊疗协作中心。科室熟练开展三维适形放疗、三维调强放疗（IMRT）、旋转调强放疗（VMAT）、图像引导放疗（IGRT）、立体定向放疗（SBRT）等精准技术，以及妇科腔内后装治疗、4D-CT扫描模拟定位技术等。
消化内科
漳州市医院消化内科是福建省省级临床重点专科、漳州市市级临床重点专科。自2005年组建以来，科室经过多年发展，形成人才梯队合理、特色亚专科凸显、设备高端的省级重点学科，部分亚专科在省内名列前茅。消化内科共有84张床位，1个内镜中心（另一内镜中心在建中）。如今已经形成9个亚专科团队，每个团队都有独当一面的负责人，实现临床与内镜、其他亚专科融合。