元朝末年形成了社会动荡、群雄竞起的局面，慈溪地域由方国珍实际控制达十二年，之后归入大明王朝版图。
此时的世界发生了自西罗马帝国灭亡后的又一次根本性变化，中国和西欧产生了资本主义生产关系萌芽，近代化的曙光在东西方几乎同时出现。西欧经过文艺复兴和宗教改革实现了思想解放，通过新航路开辟、早期殖民活动以及由此而引起的商业革命、价格革命，实现了资本原始积累，完成由封建社会向资本主义社会的转型。而在中国，由于自给自足的自然经济仍占主导地位，封建专制统治继续强化，以及“海禁”政策的推行等诸多因素，资本主义生产关系萌芽的发展受到严重阻碍。
慈溪地域作为大明帝国的一部分，随着步履踉跄的古老帝国，继续行走在封建经济缓慢发展的道路上，无论政治和国防，抑或经济和文化，均呈现出封建社会末期的阶段特征。
一、归入明朝版图
元惠宗至正年间（1341年—1368年），元朝统治日益腐败，土地兼并严重，地主转嫁赋税差役，致使“大家收谷岁至数百万斛，而小民皆无葢藏”，百姓流离失所。而元朝统治集团依然过着奢侈腐化的生活，政府卖官鬻爵，横征暴敛，搜括民脂民膏，还滥发纸币，造成恶性通货膨胀。同时接连出现严重的天灾，据1992年版《慈溪县志》记载，慈溪现境在至正六年（1346年）、至正十二年（1352年）、至正十三年（1353年）、至正十九年（1359年）、至正二十年（1360年）和至正二十三年（1363年）均出现旱灾。至正二十二年（1362年），“饥，食竹实充饥”，至正二十四年（1364年），“饥，竹息吐实，民竞采取救饥。”
可见，元末慈溪地域百姓在天灾人祸逼迫下的境遇是何等悲惨！
元惠宗即位之初，小规模的农民起义已经遍及全国。至正十一年（1351年），爆发了红巾军大起义，涌现出方国珍、韩山童，刘福通、徐寿辉、彭莹玉、张士诚、朱元璋和陈友谅等农民起义的首领。
至正八年（1348年），元朝末年第一支农民起义军的首领方国珍，聚集数千人梗阻海运和漕运，此后屡次大败前来征剿的元军，势力日益高涨。至正十五年春（1355年），方国珍由台州出发，率军北上攻打慈溪县所在的庆元路。元朝守将纳麟抵挡不住，献城投降。方国珍随即进军庆元路所属各县，而慈溪县令陈文昭不肯归降，坚决抵抗。方国珍指挥军士猛攻慈溪县治所在地慈城，破城而入后，活捉慈溪县令陈文昭，将其监禁在岱山。接着，方国珍军队又渡海进攻昌国州，元廷昌国州达鲁花赤高昌帖木儿战死。方国珍占据了包括慈溪县在内的庆元路全境并开府于此，还兼领温州和台州，成为一方霸主。
至正十八年（1358年），张士诚派大将吕珍进驻绍兴路，方国珍乘机派兵控制了绍兴东部的上虞、余姚州、新昌，双方以曹娥江为界瓜分了绍兴路。
至此，慈溪地域已经处于方国珍的实际掌控之中了。
此时的华夏大地除了位于大都、号称正统的元廷外，还有诸多军阀集团割据一方。包括以应天（今南京）为中心的朱元璋集团，以武昌为中心的陈友谅集团，以苏州为中心的张士诚集团，占据福建的陈友定集团，以及以明州为中心，占据包括慈溪地域在内的广大区域的方国珍集团。
至正二十三年（1363年），朱元璋统兵二十万和陈友谅在鄱阳湖展开决战，陈友谅战死。至正二十四年（1364年），朱元璋在应天称吴王，建百官司属，龙凤纪年，史称西吴。朱元璋以“皇帝圣旨，吴王令旨”号令天下，再次兵进武昌，陈友谅次子陈理归降。感到威胁的方国珍除了在军事上筑城备战外，还在外交上四处周旋。他先遣使至应天，向西吴政权进贡方物，岁输白银三万两，允诺等朱元璋占据杭州城后，立刻纳土归附，同时南交福建的陈友定以成犄角之势。
方国珍还北通元朝政府以图遥相呼应，元廷遂任命他为江浙行省左丞相，其弟方国瑛、方国珉和侄子方明善为江浙行省平章政事，也就是说，慈溪地域在名义上依然归属元朝江浙行省。
至正二十六年（1366年），朱元璋发表檄文声讨张士诚，攻克湖州、杭州，次年攻入平江城，张士诚战败被杀。“（方）国珍拥兵坐视，屡假贡献觇胜败，为叛服计”，同时日夜聚集海船运输珍宝，准备下海逃跑。至正二十七年（1367年），吴王朱元璋遣军分两路进攻方国珍。一路由参政朱亮祖率领，进攻台州和温州，另一路由征南将军汤和率领，先攻取余姚州、上虞县，旋即进攻庆元路，方国珍逃亡海上。汤和军队攻克定海县（镇海县）和慈溪县。
方国珍实际控制慈溪地域长达十二年，管辖着庆元路、台州、温州和部分绍兴地区。在此期间，方国珍没有称王称帝，而是接受黄岩人刘仁本的建议，实行“保境安民”政策。方国珍招贤纳土，倡导儒学、兴修水利、制定刑法，使包括慈溪地域在内的辖区百姓安居乐业。故而方国珍奉表乞降时，朱元璋说：“今势穷来归，辞甚哀恳。吾当以汝此诚为诚，不以前过为过。汝勿自疑，率众来附，悉从原宥。”不但没有治罪，反而授予广西行省左丞之职，食禄京师。方国珍于洪武七年（1374年）去世，享年五十六岁。
由此，慈溪地域归入了西吴政权版图。
不久，吴王朱元璋改庆元路为明州府，慈溪地域隶属西吴政权浙江等处行中书省明州府。1992年版《慈溪县志》记载慈溪县隶属关系：“朱元璋改元前为浙江等处行中书省明州府”，并引用两则史料佐证，其一为《明史·地理志》：“太祖戊戌年（1358年）十二月置中书分省，丙午年（1366年）十二月罢分省，置浙江等处行中书省。”其二为《大明一统志》：“本朝吴元年（1367年）改庆元路为明州府。”
洪武元年正月（1368年），朱元璋在南京称帝，建立明王朝，朱元璋即明太祖。为了加强专制主义中央集权，朱元璋于洪武九年（1376年）变更地方行政区划，废除行中书省制度，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，将原行中书省职权一分为三。其中承宣布政使司负责民政事务，“朝廷有德泽、禁令、承流宣播，以下于有司”，成为地方一级行政区划。洪武十四年（1381年），明州府人士单仲友上书朝廷，认为明州府名同大明国号相同，请求改名。明太祖深以为然，认为明州府有定海县，遂取“海定则波宁”之意，将明州府改为宁波府。《明史·地理志》记载：“洪武十四年改明州为宁波府，领县五：鄞、慈溪、奉化、定海（今镇海）、象山。”而余姚县则隶属于绍兴府。
那么，慈溪地域在明代隶属于浙江布政使司（行省）宁波府和绍兴府。
在基层组织方面，明王朝参考唐宋时期的乡里制，同时沿用元朝的三十都，推行里甲制。县下设乡，乡下设都，都下为图（又称里），十户为一甲，一百一十户为一图（里），设甲首、里长。
慈溪县在明熹宗天启年间（1621年—1627年）设有五乡三十都两百图。分别是德门乡（下设六都三十八图）、西屿乡（下设七都三十六图）、石台乡（下设六都四十二图）、金川乡（下设六都三十九图）、鸣鹤乡（下设五都三十图），另外慈溪县治所在地（慈城）设置上午里和石剌里，计十五都。1954年新划入慈溪县的原镇海北部，在明代属于定海县灵绪乡（下辖三都）。1954年新划入慈溪县的原余姚北部，在明代仍沿用宋代已设七乡，即上林乡、梅川乡、云柯乡、孝义乡、开元乡、东山乡和兰风乡。
慈溪地域的基层社会在里甲制度下，有着某种程度的地方自治。
明太祖曾强调“以良民治良民”，不许地方官吏干涉基层社会的赋役钱粮、乡民争讼、民间教化和兴办社学等具体事务。而里长在基层治理中起着关键性的作用，他负责协助地方官催征赋役钱粮，维护地方治安和乡村秩序，兴建公益事业，以及山林、池塘、堰坝等公共设施的建设和管理。
明朝政府十分重视基层社会的教化，制定《大明律》，颁布《大浩》和《教民榜文》，褒扬邻里相助、患难相恤的古风，恢复乡饮酒礼等里社礼制，推举图（里）中德高望重者率众宣读誓词：“凡我同里之人，各遵守礼法，毋恃力凌弱，违者先共制之，然后经官。或贫无可赡，周给其家，三年不立，不使与会。其婚姻丧葬有乏，随力相助。如不从众，及犯奸盗诈伪一切非为之人，不许入会。”此外，明朝皇帝诏命“民间立社学延师儒以教民间子弟”，要求每五十家设社学一所，延请乡贤教授子弟，宣讲“御制大浩”和“本朝律令”，以敦笃教化、和睦邻里。
光绪《慈溪县志》记载慈溪县社学：“明，坊都隅十五处，乡都三十五处”，合计五十处。故而，1992年版《慈溪县志》在论述慈溪古代教育时，认为“元有义学，明有社学”，可见明代社学对慈溪地域教育的发展有着巨大的推动作用。
慈溪地域的乡村经济是自给自足的自然经济，足不出乡就可以器用俱备，加之明朝实行严格的户籍管理制度，百姓远行既要官府“文引”，又受到巡检司的盘查，因此，许多乡民过着“不知有汉，无论魏晋”式的桃花源中人的生活，对外部世界的了解极为有限。雍正《浙江通志》卷九十九引《慈溪县志》记载：“乡村之人，至老不识城市。”
二、一卫二所：海防体系的建立
慈溪现境濒临杭州湾，自秦汉以来就是海防要地。明朝初期，明政府就在慈溪现境构筑了严密的海岸防卫体系。
作为综合性的军事防御工程，慈溪现境海岸防卫体系包括观海卫、龙山所和三山所，以及淞浦、向头、三山、眉山四个巡检司，这些卫、所、司均设在重要区段，高大坚固，易守难攻，是整个防御体系的重点和主体。为了加强防卫，及时报警，慈溪现境海岸防卫体系设置了近二十处烽火台，位于沿海的清溪、石塘、龙头、龙尾、施公山、古窑、瓜誓、向头、观海卫、吴家山、撮屿（今屺山）、浒山、眉山、历山等地的制高点。明朝政府在烽火台常年驻扎军士，日夜守望，遇有敌情就白昼放狼烟，夜间举明火，以示警报。明廷在慈溪地域近岸海域备有数十艘战船，连营百里，这些战船遵循军事条例，巡逻海上，防范敌人的侵扰，确保海疆安宁。
慈溪现境海防体系是明朝海岸军事防御工程的重要组成部分。
明朝处于封建社会的衰落时期，有着极其鲜明的时代特征。政治上，君主专制空前强化，明太祖废除中书省，结束了沿袭一千多年的丞相制度，将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，授予侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力。经济上，自给自足的自然经济依然占据主体地位。虽然明朝中后期出现了资本主义萌芽和思想日益解放的趋势，隐隐然呈现走向近代社会的转变态势，但是终究没有完成向资本主义社会的转型，仍旧顽固地徘徊在封建主义道路上。对外关系上，明朝政府实行“海禁”政策，严禁沿海居民与外洋商人贸易，违者施以重法。在国防安全上，明朝首先面临着退回草原的蒙元势力的威胁，不得不修筑长城。明代长城东起鸭绿江，西至嘉峪关，绵延万里，包括城墙、关城、烽燧、城障和军用道路等。其次面临着西班牙、葡萄牙、荷兰等西方殖民者和倭寇的侵扰，其中威胁最大的是倭寇。
明朝将北方防御称为塞防，将东南沿海防御称为海防，而慈溪地域所在的浙江作为倭寇危害最大的地区，自然也就成了明朝海防的重点区域。明代军事论著《筹海图编》《海防纂要》《观海指掌图》《全浙兵制》和《两浙防务类考》均认为，慈溪地域所在的杭州湾是浙江首府的藩篱，国防战略地位极其重要，宁波府则是东南沿海安宁的主要保障。故而，明廷极为重视慈溪地域的海岸防御。早在洪武元年（1368年）明太祖就下诏设置了明州卫，洪武十二年（1379年）设置绍兴卫，洪武二十年（1387年）又在慈溪县鸣鹤乡三十都定水寺涂田上设置了观海卫。
慈溪现境的海岸防卫体系正是在这样的背景下修筑起来的。那么它由何人主持修建？又建于何时呢？
嘉靖《观海卫志》记载：“国朝洪武二十年，信国公汤和遂筑慈溪县三十都定水寺涂田为观海卫，置指挥使司，内列左右中前后五千户所，外辖龙山千户所，隶浙江都指挥使司。初以余姚县居民戍守其地，县去卫不远，戍守者多私归。”道光《浒山志》记载：“明洪武二十年，信国公汤和上言：余姚控引大海，宜于北边置卫所巡司。二十里一城，以备倭寇。三山所，其一也。”
1992年版《慈溪县志》记载：“明行军卫法，郡县皆立卫、所。洪武二十年（1387年）信国公汤和督建浙东沿海诸城时，置观海卫及龙山、三山两所（三山所隶临山卫）。观海卫驻指挥以下官员95名、旗军5704名。龙山所驻千户等官16名，旗军1263名。三山所（亦称浒山所）驻千户等官15名、旗军1120名。”明朝参考隋唐府兵制创立卫所制，自京师到地方，均设立卫、所。卫设指挥使，下设千户所，千户所下设百户所，之下有总旗及小旗等单位，各卫所归各指挥使司都指挥使管辖，各都指挥使又归中央五军都督府管辖，隶属兵部，有事调发从征，无事则驻扎卫所。洪武年间诚意伯刘基所作的《军卫法》规定：每卫军兵五千六百人，每千户一千一百二十八人，每百户一百一十二人。卫所官员具有军事性质，不同于地方行政官员，他们是世袭的，而军士则实行屯兵制，另编户籍。那么依据《军卫法》，观海卫应当设置卫指挥使一名，正三品，指挥同知二名，从三品，指挥佥事四名，从五品，配置兵员五千六百人。龙山所和三山所应当设置正千户一名，正五品，副千户二名，从五品，配置兵员一千二百人。1992年版《慈溪县志》所记载慈溪地域卫所官吏设置和士兵配额，是基本符合明朝军制的。
显然，三则权威性史料皆表明，慈溪现境海防体系由信国公汤和构筑，时年为洪武二十年，即公元1387年。
汤和（1326年—1395年），字鼎臣，濠州钟离（今安徽凤阳）人，为人谨慎，沉敏多智，善于谋略，早年追随朱元璋屡立战功，被晋升为统军元帅。朱元璋建立西吴政权后，建百官司属，封汤和为左御史大夫兼太子谕德，不久拜为征南将军，平定浙东和福建。洪武十一年（1378年），汤和晋封为信国公，俸禄三千石，参与商议军国大事。洪武十八年（1385年），汤和仿效西汉留候张良功成身退的故事，上书明太祖：“臣犬马齿长，不堪复任驱策，愿得归故乡，为容棺之墟，以待骸骨。”明太祖立刻允其辞官，并在安徽凤阳中都临淮镇西郊东湖村，为汤和赐建信国公府。
洪武二十年（1387年），倭寇大规模骚扰东南沿海。
此时的大明政权因明太祖大肆杀戮开国功臣，朝中几乎无可用之人了。于是，明太祖将赋闲在家的江夏侯周德兴和信国公汤和召至京师。他对江夏侯周德兴说：“福建功业没有完成，你虽然老了，尚可勉强为我前往。”于是，周德兴赶赴闽地，筑城十六座，设置巡检司四十五个，修建镇海卫等五卫，建立了福建海岸防卫体系。
明太祖对信国公汤和说：“卿虽老，强为联一行。”诏命汤和以抗倭总兵官的身份，统帅江浙沿海诸军并筹建海岸防卫工程。汤和接受诏命后，要求方鸣谦一同前往，得明太祖允诺。据《明史》和《太平县志》记载，方鸣谦是实际控制慈溪地域十二年的方国珍的堂侄，对于海战和海防十分熟悉。方国珍归降明朝后，方鸣谦被任命为广洋卫指挥，成为汤和的部将。
汤和来到东南沿海后，亲自巡视海疆，实地勘测，并在此基础上和方鸣谦一起筹定抵御倭寇之策。方鸣谦说：“倭海上来，则海上御之耳。请量地远近，置卫所，陆聚步兵，水具战舰，则倭不得入，入亦不得傅岸。近海民四丁籍一以为军，戍守之，可无烦客兵也。”（《明史·汤和传》）于是，汤和就依据沿海地势进行规划，旋即上书明太祖，进呈防倭策略。明太祖极为赞赏，立刻准奏。
汤和选出三万五千名壮丁建筑海岸军事防御工程，“尽发州县钱及籍罪人赀给役”，役夫自然很高兴，但包括慈溪地域在内的浙江百姓则不胜其烦，渐渐生出怨言。有人对汤和说：“民怨矣，奈何？”汤和认为“成远算者不恤近怨，任大事者不顾细谨”，当用雷霆手段，遂言：“复有怨者，齿吾剑。”
洪武二十二年（1389年），汤和完成了海岸防卫体系的构筑任务，建成临山卫、观海卫、昌国卫、松门卫、定海卫、盘石卫、金乡卫和海门卫等八卫，以及乍浦所、澉浦所、三山所、龙山所等五十一所。《明史》记载：“（汤）和乃度地浙西、东，并海设立卫所城五十有九。”为了充分发挥海防体系的军事作用，汤和又稽查军队编次，制定考核制度，订立奖赏法令，规定包括慈溪地域在内的浙东百姓，每家有四口以上者抽一人为兵，共得五万八千七百多人，充实海岸军事防御体系。
明朝初年慈溪现境内的海岸军事防卫工程，以观海卫、龙山所和三山所为主体，包括一卫二所四司、近二十处烽火台以及数十艘战船。由于体系完整，防备周密，使倭寇和盗贼无隙可乘，有效地保护了慈溪现境沿海人民的生命财产和农业生产，对于慈溪地域经过元末战乱后的经济恢复和社会发展起到了重要作用。
如今，慈溪现境海岸防卫体系已不复昔日之辉煌，仅存遗迹，然而通过《明史》《筹海图编》《绍兴府志》、嘉靖《观海卫志》、道光《浒山志》等史料方志，我们隐隐然可见它的庄严和恢弘。
观海卫位于向头水寨和鸣鹤水寨之间，西与临山卫互为犄角，北和金山卫隔杭州湾相峙，扼守钱塘江口，是明代浙江海防的重点。乾隆《绍兴府志》称：“浙之重地在宁绍，而宁绍重地在观海（卫）。观海（卫）安则自余姚、上虞、会稽、山阴、萧山以抵钱塘，海寇难以出没，故卫城卫二郡之重地。”
观海卫城坐北朝南，卫城北面有金山和卫山，东北有磨盘山，西面有乌龟山，南面有快船江，整个城池呈正方形，四周有护城河，设城门、吊桥、敌楼、官道、望台、官署、兵营、军器所、仓廪、鼓楼以及演武场，设施齐备，防卫严密。《观海卫志》记载：观海卫城周围四里三十步，城墙高二丈四尺，面阔三丈。初建时仅有东门和西门，永乐十六年（1418年），都指挥谷祥增设北门和南门，扩建至四座城门，城门之外还建有月城，设置了吊桥。城墙之上，建有二十八座敌楼，雉堞一千三百七十个，还有巡警铺三十六个，水关（穿城壁以通城内外水的闸门）两个。护城河绕城九百一十四丈，面阔六丈，深六尺，嘉靖三十五年（1556年），指挥孙荣重新疏浚河道，又加深了五尺。城北卫山上有观海卫烽火台的总台，《观海卫志》记载：“总台卫北一里，西至西龙尾二里，东至向头堠三里，五所发军人十名守之。”
龙山所隶属观海卫管辖，东面是石塘山，南面是达蓬山和凤浦湖，西面是伏龙山，北面则是时常出现惊涛骇浪的东海，堪称天然屏障。《观海卫志》记载：龙山所城周围三里十五步，城墙高二丈四尺，面阔二丈，初建时只有北门，永乐十六年（1418年），都指挥谷祥增建了东、西、南三座城门，城门之外建有月城，设置了吊桥，城墙也增高至二丈五尺。城墙之上，建有敌楼十五座，雉堞五百六十八个，水关一个，护城河绕城五百二十二丈，深二丈二尺。
三山所隶属临山卫管辖，是今天慈溪市城区核心部分，也是慈溪市的政治、经济和文化中心。光绪《余姚县志》记载：“三山所在梅川一都之浒山，俗呼浒山城，东应观海（卫），西接临山（卫）。”三山所城由千户刘巧监筑，管辖历山、眉山、蔡山、吴山、担山等七处烽火台。《浒山志》记载：三山所城周围三里一百一十步，城墙高一丈六尺，永乐十六年（1418年）又增高六尺，四座陆地城门，城门之外建有月城，设置吊桥，另外有一水门。城墙之上，建有敌楼四座，雉堞六百九十九个，护城河绕城六百六十丈，深一丈三尺。在所城的北高城上建有中军楼，明代胡理撰《中军楼诗》感怀：“扶筇何处快登游，山上筑成城上楼，极目无边惊拍浪，鱼龙百怪望中收。势高百尺兀撑空，倒映龙池气象雄。知是当年防海寇，楼前习射鼓逢逢。”
三、卫所地方化演变
慈溪现境海防体系的构建，使观海卫、三山所和龙山所成为慈溪地域的国防重镇，拥有相对独立的军事行政权。然而，作为镶嵌在慈溪地域的城邑，观海卫、三山所和龙山所又和慈溪、余姚等县有着经济和文化上的互动关系。在长期的交流过程中，卫所和地方在人员流动、俸粮支给、赋役承担和文化融合方面，虽然有矛盾和纠纷，但更多的是合作和支持。尤其在生活方式和文化习俗方面，卫所居民和慈溪地域的民众逐渐形成了融合趋势，最后成为慈溪地域的有机组成部分。
首先，慈溪地域承担了卫所俸粮和役银的绝大部分，是观海卫、三山所和龙山等卫所最重要的经济来源。
明代卫所建立之初，大多实行军屯制度，卫所的俸粮和役银有均由军士开垦屯田供给，但是慈溪地域的卫所大多屯田不足，无法保证俸粮和役银，明廷下令由卫所附近的府县承担卫所驻军的俸粮和役银。譬如观海卫，“无屯地官山”，其运作所需的俸粮和役银，“坐派绍兴府余姚、上虞、新昌、诸暨运纳常丰四仓，按月委官给散。”
慈溪地域府县所承担的卫所俸粮和役银是极为沉重的。
就俸粮而言，光是观海卫，“国初全伍官军数几六千，而额之所需，额当六万。于时，仓无缺运，军无空籍，得足食、足兵之良法也。”这么巨大的纳粮数额，使慈溪地域府县征收的大部分粮米成了卫所官兵的俸粮。虽然嘉靖年间观海卫的兵员大大减少，俸粮数额有所下降，但是依然给慈溪地域府县造成很大的财政压力，“（慈溪县）通县之粮三万七千，转而输之于各卫所者三万有余。”慈溪知县霍与瑕是嘉靖三十八年（1559年）进士，曾因不给严嵩党羽鄢懋卿送礼而被劾罢。这位铮铮铁骨的霍知县也不得不为巨额的观海卫俸粮犯愁，感叹道：“其解京及存留者不过数千，是已竭农民之财为养兵之费矣。”（霍与瑕：《霍勉斋集》卷十八《为增练兵以固地方事》，香港中文大学古籍室藏清乾隆三十三年刊本）
役银的负担同样沉重。
嘉靖四年（1525年），督察院右都御史潘仿巡按浙江。这位工于书法、文采出众的浙江巡按御史曾主持杭州万松书院和浙江贡院，在推动浙江文化发展方面卓有成效，但是在卫所役银改革方面，却枉顾实际情况实行一刀切，规定：“每年每卫大城征银一百两，每所小城征银三十两，每年该征银二千一百二十八两三钱八分七厘，作为十分均派，民七军三，俱于该年见役里甲出办。”也就是说，“若通以十年”，军民共出白银二万一千二百八十三两八厘七毫，按照“民七军三”的标准，卫所所在地方就凭空增加了一万五千两役银。这是一项弊端丛生的所谓改革。首先，它不是根据卫所城池破损情况来确定修缮经费，而是每年摊派，势必“每岁扰民”。其次，役银从慈溪县解送到宁波府，由卫所军官从宁波府领取，手续往往有不完备之处，且“加秤收火耗及经收人役侵加，所费实为不赀。”再次，役银到了卫所，“收贮在库以侯修城，亦不知作何下落。”故而，此项改革遭到慈溪地域诸多地方官员的诟病，譬如时任慈溪知县的薛应旂。
薛应旂（1500年—1575年），字仲常，号方山，嘉靖十四年（1535年）进士，同年出任慈溪知县。初为一方父母官的薛应旂遵循经世致用的古训，努力将平生所学付诸实践，“慕古循吏之为政”。他上任伊始就拜谒南宋慈湖先生杨简的祠堂，并造好慈湖先生杨简的木主牌位，请入正学书院祭祀，还在闲暇之时召集诸儒生讲学，以示对慈溪乡贤的敬意和对慈溪地域文化的尊重。
然而，薛应旂在慈溪知县任上做得并不愉快，因为他和宁波知府郑威发生了矛盾。薛应旂少年清苦，懂得民生艰难，故而一上任就不顾官场中的人情世故，裁减了百姓的一些赋役，由此得罪了上司宁波知府郑威。薛应旂不愿意屈膝向郑威示好来缓和关系，便上疏请求改任他职。嘉靖十六年（1537年），薛应旂离开慈溪县，改任九江府儒学教授，从而结束了他在慈溪一年多的知县生涯。
性格耿直的薛应旂对于卫所役银征收的弊端直言不讳，认为每年征收固定数额的修城役银，使卫所军官与地方吏胥私下侵吞银两有了可能：“推原其故，不过当时吏胥通同卫所，意图侵克，造为此说，上司一时信之，亦君子可欺以其方也。”他在《申革冗费》中分析了浙江巡按御史潘仿役银征收规定的弊端，并对观海卫和龙山所役银征收提出了自己的方案：“观海、龙山二处公馆设于军卫之中，每为官军侵损。虽设有门子各一名，军民势殊，不能看守约束，甚至门窗砖瓦尽取去，连年被该卫捏称风雨损坏。本县恐海道上司一时按临，难以住札，只得前去修理。县官措置艰难，或著令坐都粮长，或分派里甲，方完辄坏，民甚苦之。乞严行禁约，将原设门子工食银二两给与该卫军甲看守。若仍前侵损，就着令修理，则军人知警，而本县小民一旦除累年之害矣。”（薛应旂：《方山薛先生全集》卷五十二《申革冗费》，《续修四库全书》，上海古籍出版社1995年版）
其次，通过里甲整编，打破卫所管理的独立性和封闭性，使卫所驻军及其家属兼有卫所居民与府县百姓双重身份，推动了卫所的地方化衍变进程。
明朝在慈溪地域基层社会实行里甲制度，而卫所由于其军事性质，实行特殊的管理制度。明宣宗宣德年间（1426年—1435年），明廷允许卫所驻军家属留居卫所，于是卫所城内或周围出现了定居的军人家庭甚至家族。他们或开垦荒郊野地，或购买民户土地，逐渐和慈溪地域府县的居民产生了矛盾。譬如观海卫，“四门之外，俱留马路，以便驰骤。以草场相连，军民争讼”，以致于官府不得不出面平息。嘉靖《观海卫志》记载：“弘治三年，巡按御史使彭丈量弓数以给军，都御使彭刊定则例以给灶，掘河为界，彼此辑宁。”
此外，卫所军户较之慈溪地域府县民户，有免除徭役的身份特权，民户极为不满，双方由此产生了矛盾，“民则曰：‘役出田畴富粟米者，合应军输之。’若军则曰：‘身居行伍，执干戈者，难兼！’催办之司，议论纷纷，莫知所定。”从而造成慈溪地域基层社会管理的混乱。而观海卫的情况尤为复杂。“观海虽属绍兴，去绍二百里，而去慈六十里。在绍则门庭之卫，而在慈则腹心之卫也。慈所属共有三十都地方，而观海正坐三十都之地，非赘附吾地者。比乃刁弁顽军负固不服，居县之地而不纳其税，食县之田而不听其征。”（光绪《慈溪县志》卷十三《固守城圉议》）
为了解决慈溪地域卫所驻军和府县百姓的矛盾，双方行政部门打破民户和军户的界限，进行了里甲和军甲的重整。嘉靖四十一年（1562年），慈溪知县霍与瑕和观海卫舍人胡钺商议后，将隶属于鸣鹤乡第三十都的七个图（里），“除逃亡外并为六里（图），将旧民田那勾充补”，由观海卫军户（旧届军甲一十三户及今届买田舍余之家）另编成一图（里），“辏成七里之中”，隶属于鸣鹤乡第三十都。“除丁田均徭，与民一体科差之外，一应有司力役，卯酉悉与除免。至于徭年，止办银差，不应力役。”经过鸣鹤乡里甲体系的重整，不仅缓和了观海卫驻军与慈溪县百姓之间的矛盾，“军民痛快，彼此息”，而且促使卫所驻军及其家属走出军事城邑，融入慈溪地域地方府县的社会生活。
总而言之，明代慈溪地域海岸防卫体系的修筑，是明廷加强东南沿海国防的需要，为慈溪地域百姓提供了长时期安居乐业的安全保障，深刻地反映了慈溪地域在中国封建社会衰落时期的时代特色和地域特征。