故事发生的背景是明代中晚期，经济空前繁荣的背后隐藏着巨大的危机。世界格局不断嬗变，地理大发现，文艺复兴、工业革命，世界的联系越来越紧密。这时候的中国也迎来了前所未有的机遇与挑战。
闭关锁国还是通海贸易？浙东海寇猖獗，围绕是否“禁海”，各方势力展开角逐。“禁海”乃是当朝圣训，本意是防范海寇侵扰，勾结地方不法之徒；但“通海”之利亦为朝廷所重，因此，“禁海令”时紧时松。浙东的通海案案发，朝中“清流”要求厉行祖宗家法，禁海肃贪，打击坐大的豪强；地方开明官员认为弛禁通海乃是解决海患的根本之道，通海之利亦可助力朝廷纾困，寻求与意图归顺的海上流寇合作；地方上世代通海的富商人心惶惶，急于寻求皇权庇护……多股势力及其代言人会聚在浙东一处叫石街的地方，士绅、富商、儒生、平民、传教士、官吏、匪徒，各色人物粉墨登场，男主人公伍存养意外地踏足官场，破获了一桩“通海”大案，搅动起席卷全国的政治风暴。这是一幅中国封建社会晚期多元杂处而相竞争的社会图景，小说探讨了封建社会晚期的中国何以在惨烈的内耗及守旧思想的钳制下，错失融入世界大势的机遇。
《雾与石》是王立云的长篇处女作，聚焦的是大航海时代文明的碰撞。为何选择这样的题材？王立云表示，西方的文学和电影中，大海的题材占了很大的比重。身处东南沿海的我们，守着这么大一片海，却好像总是视而不见。他说，吸引他的并不是大海，而是“大航海时代”中西方文明第一次大规模的碰撞。“这个时期，这段历史本身就极具戏剧张力，是一个比较好的审视中国传统思想的窗口。当然，滩涂、盐业、抗倭斗争，我们的地域文化中本身就有大海的因子，任何一个作者都脱离不了传统给他的影响。”王立云认为，人类征服大海，不是要对海洋予取予夺，而是打破隔绝，在开放融合中获取力量。人类种族的壮大，就是一次一次走出去的结果。
相比于展示这段“海禁”的历史，或者表达对这段历史的看法，更吸引王立云的是那个时代本身所具有的张力，契合他想要表达的荒诞的主题。作者细致剖析了封建社会权力的运行法则及其惨烈内耗，如何使得开明势力促成中国拥抱海洋、拥抱世界的事业功亏一篑；而执着祖宗家法、抱残守缺的古旧思想，又如何以“动摇国本”为由驱逐能使天地为之一变的新知。
《钱江晚报》曾刊文评析《雾与石》：解读一段“失败的”历史，并不是作者的唯一意图。作者真正在意的是高于物质历史的精神性事务，他突入人物的脑海，写出抗争者们所经历的颅内风暴，他们毅然承受命运的重压，或纵身殉道，或在孤独中继续上下求索，进行着徒劳却不能说一无所成的努力。由此，小说摆脱了具体历史时空的限制，进入了形而上的层次。作者将精神的抗争与突进，看得比结果更加重要，就像西绪福斯永远无法完成将石头推上山顶的任务，但在日复一日的劳作中，他终究是幸福的。