1938年8月，设在上海的中共江苏省委决定成立江北特委，开辟南通一带的敌后工作。江北特委在通如海启地区重建和恢复了党的组织，发展了一批党员骨干，建立了群众抗日团体，扩大了抗日民族统一战线。两年多的艰苦工作，为后来抗日民主根据地的开辟打下了坚实基础。
1940年10月，黄桥决战胜利后，新四军苏北指挥部乘胜北上，进驻海安镇。1940年11月7日，中共中央中原局书记刘少奇（化名胡服）一行来到海安。在海安期间，刘少奇指导召开苏北临时参政会，大大推进抗日民主根据地建设；宣布成立华中新四军、八路军总指挥部，统一指挥陇海路以南的新四军和八路军，海安一度成为华中抗战的指挥中心。
1940年10月下旬，新四军着手开辟通扬运河以东的通如海启地区。新四军苏北指挥部应苏四区抗日游击指挥部指挥、中共特别党员季方请求，派陶勇、刘先胜率第三纵队从海安出发东进。进驻掘港后，由季方出面召开通如海启地区各阶层代表会议，决定按照“三三制”原则改组各县政府。随着新四军部队的进驻，南通、如皋（今如东）、海门、启东4县国民党政权先后被和平接管。1940年11月，如皋中心县委改为南通中心县委，统一领导通如海启地区党的工作。
皖南事变发生后，新四军华中部队统一整编为7个师，原苏北指挥部改编为第一师，粟裕任师长。1941年春，华中敌后划分为8个战略区，其中宝应、东台一线以南至长江，大运河以东至黄海的区域为苏中区。苏中区党委、苏中行政公署、苏中军区相继建立。