民国三十五年（1946）10月，解放战争，国共双方坚壁清野，拆除了国清寺天王殿五楹中间一间、藏经楼以及西侧厢房。掘港周边拆除庙宇的神像菩萨全部被运至国清寺保存，一时堆满了大雄宝殿，和尚只得在大雄宝殿西侧搭铺就寝。至1948年3月掘港解放，国清寺似乎已被遗忘。
1958年10月，县政府在国清寺召开“破除封建迷信”学习班，由县民政局局长李少军主持，全县“僧道尼”代表三十四人参加，历时三十多天，学习的目的是回去按照会议的要求破除迷信。当年10月31日召开专题会议，学习“总路线”，上交佛法事器具。会后，全县寺庙道观被拆除，僧道尼还俗。这段历史不见于志书，笔者听亲历者潮桥蒋家大土地庙原当家的王宗祥老人讲起，当年他年仅19岁，还是留着发髻、穿着道袍的道士，因有文化、年纪轻，代表潮桥公社参加培训班，回去后就脱了道袍，剪去发辫，烧了经书还俗。一起参加学习班的还有丰利准提庵的竹田，十来岁，由嫂子陪同一起来的。
学习班后，国清寺仅留下圣因、真一、静修（何其道）看守庙宇，后来庙里香火日衰，三人耕种庙田维持生计，在东厢房按石兑舂米粉补贴日常开支。