南京北站将和南京南站、南京站三站联动，形成辐射八方的新格局。
根据规划设计方案，南京北站设置3场16台30线，由北向南依次设高铁场5台9线，引入北沿江高铁；城际场6台12线，引入宁淮城际铁路、宁滁蚌城际铁路、上元门铁路过江通道；普速场5台9线，引入京沪铁路、宁启铁路等。
根据规划，在轨道交通方面，南京北站将引入地铁3号线、4号线、15号线、18号线以及城际轨道S4号线；在道路交通方面，将打造以“一横两纵”H形快速路为主骨架的多层级道路集疏运系统。
南京北站通过设置线上东西主进站广厅、线侧南北辅助侧式进站厅、线下快速进站厅，预留站房四角地块接口，实现全方位多层次进站功能。