被日军烧毁后的云峰寺成了一片残垣断壁。
1938年2月，侵华日本华北方面军第二十师团侵入介休境内，占领了介休县城和铁路沿线。在县城失陷前，介休牺盟会、县政府和人民武装自卫总队等500余人，在共产党的领导下，退居绵山，居险抵抗日军的进攻。从此，绵山便成为共产党发动群众，开展游击战争的抗日游击根据地。绵山抗日游击根据地建立后，日军曾几次发动进攻，但均以失败告终。面对中国人民的顽强抵抗，日军开展了惨无人道的杀戮。
1938年10月，抗日战争进入战略相持阶段。这时，国民党中的反共顽固派在各地挑起了反共磨擦，进攻抗日的八路军和共产党领导的其他抗日武装，摧残抗日政府和群众团体，捕杀我抗日干部和积极分子，并在1939年冬掀起了第一次反共高潮。日本侵略军和国民党反共顽固派相互勾结，相互呼应，向我敌后抗日根据地大举进攻，企图消灭共产党领导的一切抗日力量，摧毁敌后抗日根据地。一时间，华北敌后各抗日根据地被笼罩在战争的阴云之下。
我根据地抗日军民，在共产党的正确领导下，不畏强暴，沉着应战，与日本侵略者和反共顽固派展开了坚决斗争。
就是在这种背景下，1940年1月10日，驻介休、灵石、平遥和沁源等地的日军，兵分三路向我绵山根据地大举进攻。日军一路从介休县城出发，经大靳、马堡、南北槐树庄等村，进攻绵山主峰；一路从灵石静升镇出发，经旌介、兴地等村侵入绵山；一路从沁源县出发，经马跑泉顺沟而下，向绵山抗日军民夹击。
1940年2月，日军集结了介休、灵石、沁源日伪军数千人，兵分六路再次向绵山逼进。沿途烧毁大靳村许多房屋、杀害村民、沙弥6人，烧毁云峰寺空王殿、千佛殿、介公祠等建筑。沿途杀害2人，方圆40公里的寺庙、古迹、林木被焚烧殆尽。
1942年，日军分六路从沁源向绵山再次扫荡，沿途纵火烧杀，自绵山峰顶至谷底将方圆数十公里佛道庙宇全部烧毁。1942年2月，日军对绵山根据地再次进行大规模的“扫荡”。集结介休、灵石、沁源日伪军数千人，分六路从沁源方向向绵山逼近。日军沿途纵火烧杀，杀死道士1名，杀死羊工1名。自绵山峰顶的银空洞、铁瓦寺、茅庵、永宁庵、弥陀庵、新庵、旧庵、竹林寺抵达云峰寺。后经玉皇阁、地藏殿、三皇阁、中岩、腰岩、龙头寺、土地祠、光严寺、西姑庙等地，边走边烧，将绵山方圆40公里佛教圣地的所有寺庙内大殿小庙、僧房、客舍全部烧毁。共烧毁寺院、庙宇20余处，其中大殿5座，房屋300余间。所烧庙宇中，包括佛、道两大宗教各流派的壁画雕塑，包括历经1000多年留存下来的石刻碑铭等宝贵历史文化遗产，毁坏殆尽，惨不忍睹。
驻绵山的介休抗日军民，避开日军主力，转移到外线与敌周旋，展开灵活机动的游击战，寻机打击日寇。日军找不到我八路军主力和抗日机关，便对手无寸铁的平民百姓滥施淫威，大肆杀戮。
日军沿途所经之处，烧杀抢掠，无恶不做。许多无辜的平民被打死，房屋被焚烧，连一些山神庙宇都不能幸免。在四家窑村，日军把抓住的数十名村民往井里赶，不跳的就用刺刀捅死。一口六七米深的井，都被尸体填满，其状惨不忍睹。特别是侵入绵山云峰寺的日军，其暴行更令人发指。日军占领云峰寺以后，抓住一名介休抗日政府的炊事员和一名小和尚，逼问八路军的武器和物资藏在何处，在遭到拒绝后便残忍地将其杀害。然后在云峰古寺大肆抢劫，临走时又纵起大火。刹那间，烈焰飞腾，火光冲天，腾起的火苗高达几十米，把山岩顶上的石头都烤得剥落下来。寺内的铜钟也被烧化。有着数千年悠久历史的文化名山遭遇了一场空前的劫难，存在了1300余年的云峰古寺，被日军的大火毁于一旦。寺中十余处精美的古建筑和许多珍贵的历史文物及塑像都化为灰烬，其损失无法估量。
曾经的殿堂楼阁皆被侵华日军焚毁，变成了一片废墟，到处是残垣断壁。
张云文（介休）