1990年3月13日，国务院下发《关于调整新疆生产建设兵团计划管理体制和有关问题的通知》（国函〔1990〕24号），明确兵团的国民经济和社会发展计划按行业纳入国务院有关部门计划，实行计划单列。兵团在继续作为新疆维吾尔自治区的重要组成部分、接受自治区领导的同时，逐渐由中央政府有关部门对口管理。这种双重领导体制的建立，是兵团行政隶属关系上的创造性变革，有利于中央与自治区对兵团的协调领导，有利于兵团履行肩负的各项职责，理顺了兵团与国家机关各部门的关系，进一步推动了兵团事业发展。