浙江湖州人赵三和周生，俩人性情相投，关系很铁，平时在本地做些小买卖，但苦于市场不大，生意一直没有太大的起色。为了多赚些钱，俩人便商议着一起前往南京做贸易。然而，当赵三和妻子孙氏聊起此事时，遭到妻子的坚决反对，说什么也不愿丈夫出远门。原来，小两口彼此恩爱，感情甚笃。妻子并不想赵三大富大贵，只希望能长相厮守，过平平淡淡的小日子。但赵三并不甘于现状，为此夫妻俩争吵了好几天。最终孙氏拗不过赵三，无奈之下只得勉强同意，并叮嘱赵三早日回乡。
到了约定的日子，赵三在黎明时分依依不舍地告别妻子出发了。然而，当好友周生携行李来到码头，却并未看到赵三的身影，以为赵三尚未赶到，便先登上了约定的船只等候，谁知等候许久也没见赵三赶来。周生心中感到奇怪，就让船夫张潮去赵三家询问其是否已经出门。
船夫张潮到了赵三家，一边敲门一边喊道：“三娘子！三娘子！快开门！”孙氏开门之后，张潮急忙问道：“三官人在家吗？这说好上船去南京到现在还没有来。”孙氏吃了一惊，连忙问道：“他一早就出门了，已经很长时间了，怎么到现在还没登船吗？”
张潮匆匆赶回码头告诉周生，周生也觉得十分诧异，便回去与孙氏分头四处寻找。然而，一连三天过去，却始终不见赵三的踪影。周生担心赵三已经出事，害怕受牵连，便将此事上报了官府。
县官询问周生、张潮和孙氏等人，得知赵三与妻子孙氏因外出有过争执时，便怀疑是孙氏与他人有染，合谋杀死了丈夫。然而查来查去，并没有发现孙氏有什么疑点，这起赵三离奇失踪案也因此悬而未决。
直到有一天，大理寺一位负责案件审理的杨评事到该县核查历年积案时，查看了该案的卷宗之后，立刻就发现了其中的蹊跷之处，说道：“这船夫敲门便叫三娘子，肯定知道房内无丈夫。”于是组织人员重新调查，重点针对周边船家和张潮的行踪进行明察暗访，取得了可信的证据，张潮无法抵赖，只得交代了谋财害命的经过。原来，赵三当日早早来到码头登上张潮的船，因周生还未到，于是没脱衣服就躺在船舱里等候，不一会儿便迷迷糊糊睡着了。船夫张潮见到赵三带的钱财，便偷偷将船开到僻静之处，将赵三沉到水里淹死，然后又将船撑回来，假装在船上睡觉，一直等到周生到来。至此，赵三失踪案真相大白。
正所谓“天网恢恢，疏而不漏”，不论心思多么缜密，手段多么高明，只要作恶就必然会留下蛛丝马迹。在这起谋财害命的故意杀人案中，真凶张潮作案手段隐秘又故作误导，但中国封建社会男女授受不亲，正常情况下，张潮敲门之时应该先喊男主人姓名，而违背常理叫“三娘子”的举动让他露出了马脚。案件揭示了明察秋毫和逻辑推理的重要性，也显示出基于常识常理判断是非的必要性。