南海诸岛名称早就见于历史典籍，至清道光年间正式使用“西沙”地名。1934年，著名地理学家胡焕庸发文指出：东南尚有无数小岛，星罗棋布，直达菲列宾派来湾岛（今菲律宾巴拉望岛）沿岸。……其尤大者，如西约克岛，岛上有椰子及其他植物，海南渔民亦常来此，建有神庙一、坟三，其为我国领土，亦无疑义。其南有平岛，再南有南山岛，再南有新客岛。其位置为北纬九度四十二分，东经一百十四度二十三分，诸岛地位，均在菲列宾（今菲律宾）国界以外。此等群岛，虽为我国人所居住往来与经营，然迄今尚无综合之名称，鄙意拟用“南沙群岛”之名命名此群岛，或统称曰“南海诸岛”。——胡先生首次系统论证了南海诸岛属于中国，并为南沙群岛命名，为我国应对南海和东海主权争端提供了重要证据。
在古代称这些岛屿为“九乳螺洲”“千里长沙”“万里石塘”等。在二战期间，南海诸岛一度被日本侵占。抗战胜利后，中国国民政府根据《开罗宣言》和《波茨坦协定》，继收复台湾之后，收复了西沙群岛与南沙群岛。
1983年5月22日，人民海军首次到达我国最远的南部海疆——曾母暗沙巡航。1994年，人民海军在曾母暗沙设立主权碑。曾母暗沙是中国固有领土，战略地位极为重要，中国在此投放了主权碑。因系水下暗沙，无法驻军，中国军舰和海警执法船不定期巡航。曾母盆地即曾母暗沙所在盆地，是油气富集区。
1983年，中国地名委员会授权公布了《我国南海诸岛部分标准地名》，这份文件包含了287个经过系统梳理的南海岛屿标准地名。这次命名工作的最大特点是：将渔民口口相传的传统地名与政府公布的正式地名相融合，对1947年命名中的一些不足进行了修正；对其中许多合理成分予以保留。典型例证是保留了“曾母暗沙”的命名，以体现南海诸岛命名工作的系统性和连续性。
2012年6月21日，民政部公告宣布，经中华人民共和国国务院批准，撤销西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处，建立地级三沙市，市政府驻西沙永兴岛。从此，隶属海南省的三沙市，成为中国最南端、面积最大、陆地面积最小、人口最少的地级行政区。2012年7月24日上午，三沙市成立大会暨揭牌仪式在永兴岛举行。
中国政府在2020年4月对南海岛礁开展新一轮的命名工作，新的地名充满了历史厚重感和文化意蕴。例如“万仞海脊”“玉门海山”源于唐王之涣《凉州词》，体现古典诗词的艺术美感；“月轮海丘”“海雾海丘”取自唐张若虚《春江花月夜》，展现对自然之美的文化感悟；“天宝海山”“腾蛟海山”源自唐王勃《滕王阁序》，彰显传统文化深厚的底蕴。
这次命名有以下几个特点：一是扩大了命名范围，除岛礁外，还首次包括了海底地理实体命名。二是新增25个岛礁和55个海底地理实体的标准地名。三是命名原则更加系统化，将历史典故与南海地理特点相结合。通过命名强化了中国对南海的主权主张。