《聊斋志异》的大多数作品虽以光怪陆离的精怪鬼魅为主题，但在这些虚构的故事背后，展现的仍是现实世界的黑暗，《公孙九娘》便是其中之一。蒲松龄直接点出，这篇小说以“于七之乱”为历史背景。“于七农民起义”发生在清初的山东胶东地区，最终遭到清廷的残酷镇压，无辜百姓含冤而死。开头寥寥数笔，便写出不忍卒睹的惨况：“碧血满地，白骨撑天。上官慈悲，捐给棺木，济城工肆，材木一空。”
故事的男主角被称为“莱阳生”，文中明确点出，莱阳、栖霞两地遭“于七案”牵连者最多，莱阳生也有几位亲友死于此案。在“于七案”结束十余年后，莱阳生来到济南祭奠死者。不料夜间竟有遇难者之一朱生的鬼魂来访，特来求娶莱阳生的外甥女。此女从小被莱阳生抚养，回到父亲身边后也因此案而死，“闻父被刑，惊恸而绝”。莱阳生跟着朱生来到一座住着上百户“人家”的村庄莱霞里，在此居住的都是“于七案”的冤鬼。莱阳生不仅见到了死去多年的外甥女，还见到了一位美丽聪慧的少女公孙九娘。在当年的动乱中，她和母亲本来要被押解到京城，母亲不堪折磨，在途中死于济南，九娘也自刎身亡。
朱生的鬼魂和莱阳生外甥女的鬼魂如愿成婚。外甥女知道莱阳生的妻子已经去世，便将九娘介绍给他，二人情投意合，结为夫妇。虽然人鬼殊途，但莱阳生的婚礼仍然极尽欢庆。新婚之夜，九娘说起前事，哽咽难眠，吟诗两首：“昔日罗裳化作尘，空将业果恨前身。十年露冷枫林月，此夜初逢画阁春。”“白杨风雨绕孤坟，谁想阳台更作云？忽启镂金箱里看，血腥犹染旧罗裙。”诗中既有森森鬼气，更有不尽的怨愤。纵然有阳台云雨相会的无尽春意，萦绕在字里行间的仍然是血腥与凄冷，读来如闻白杨萧萧之悲风。
成婚几天后，公孙九娘告诉莱阳生，这里毕竟不是人间，他不宜久留，希望莱阳生念及短暂的夫妻之恩，能将她的遗骨迁葬到莱阳生的祖坟中，并将罗袜赠给莱阳生作纪念。莱阳生又和朱生、外甥女洒泪告别，回到住处。次日来到莱霞里，只见上千座坟茔累累相望，无法从中找到九娘的坟墓。莱阳生只恨自己粗心，没有问清九娘母女所葬的位置，最终抱憾回乡，九娘送给他的信物罗袜也见风成灰。半年后，他又来济南寻找，仍然只见荆榛荒坟，鬼火狐鸣。莱阳生拨转马头东行，忽然在坟丘间看到了九娘的身影，他连忙追上去，九娘却气愤地掩住脸不理他，消失在荒冢之中，留给莱阳生永久的悔恨和遗憾。
作为《聊斋志异》中少见的悲剧故事，这一结局并非莱阳生无情，乃是残酷的现实导致的。在那个“文字狱”盛行的朝代，蒲松龄敢于在小说中揭露统治阶层的暴虐，无疑值得敬佩。