东汉太学所传授的课程是《诗》《书》《礼》《易》《春秋》等典籍。这些典籍最初形成于先秦，在进入西汉以后，这些经典的文本都是用汉代通行的隶书所写。相对于先秦的古文字，隶书被称为今文字，用今文写成的经典被称为今文经，研究今文经的学派被称为今文经学派。汉武帝设太学时，太学所传就是今文经学。后来，在民间又陆续发现了一些用先秦古文字所写的经典，这些经典被称为古文经，研究古文经的学派被称为古文经学派。古文经学派一直在民间流传。
这两个学派，起初仅是所传经典文本字句因为书写的用字不同而略有歧异，后来逐渐发展为解经路径不同，各自发展出一套阐释体系。今文经学不太注重对文本本身的阐释，经典文本仅是今文经学派构建其理论体系的材料，他们更注重由文本出发阐释文本背后的微言大义。古文经学则相对比较保守，他们的长处在于经典文本的训诂，更注重对经典文本字句的阐释。
太学的博士席位之争
东汉王朝建立后，太学所传也是今文经学。汉武帝设太学时，起初设立五经博士，到东汉初年，今文经学不断分化之后，可以在太学合法传授的有十四家今文经学，每个小学派都设有一名博士，分别是《齐诗》《鲁诗》《韩诗》《欧阳尚书》《大夏侯尚书》《小夏侯尚书》《大戴礼》《小戴礼》《施氏易》《孟氏易》《梁丘易》《京氏易》《颜氏春秋公羊》和《严氏春秋公羊》。
汉代政府创办太学的目的之一，在于为政府提供人才，太学与仕途有密切的关联。汉代很多人都是由太学通经入仕，尤其是在东汉，太学成为重要的入仕途径。在这种情况之下，某一学派的学说能够进入太学，在太学中设立属于该学派的博士官，就可以获得巨大的政治利益。因此，围绕着太学中的博士席位，不同学派之间展开了激烈的争夺。不过，由于西汉以来，太学始终被今文经学所垄断，朝中大臣都出身于今文经学，他们为维护自己的政治利益，自然不会同意古文经学染指太学。光武帝曾经试图在太学设《春秋左传》学博士，但遭到强烈反对，最终放弃。
东汉今文经学的僵化与衰落
不过，就学术本身而言，东汉今文经学却在不断衰落。西汉朝廷创办太学后，对太学的管控并不是很严格。太学中，还有一定的学术自由。但是，在东汉，从光武帝恢复太学，就不断加强对太学的管控。东汉政府不断删减整理太学所传章句之学。所谓章句之学，即对经典进行分章断句，并进行解释。汉章帝时，甚至在皇宫白虎观召开大规模学术会议，整理今文经学，并由班固执笔整理出《白虎通义》一书。《白虎通义》即体现了皇权意志的太学教学大纲。
太学博士的授课，必须严格遵循既定的内容，而不能自由发挥。《颜氏春秋公羊》学家张玄学识渊博，他给学生授课时，尽可能将不同的学说都介绍给学生，由学生自己思考选择。以我们今天的眼光来看，张玄的授课水平非常高，鼓励学生自主思考，开拓学生的学术视野。但在当时，张玄的授课是不被接受的。后来，太学中的《颜氏春秋公羊》学博士空缺，人们举荐了张玄。张玄到太学后，还按照自己过去的方式上课，却遭到了学生的举报，光武帝立即罢免了张玄，张玄还没等到新的任命就去世了。
东汉政府一方面严格限制太学的授课，另一方面又不断强化对太学生的考试。既然是考试，就要有标准答案。于是，太学博士授课照本宣科，太学生学习都是死记硬背。在这种情况之下，东汉今文经学受到严格的限制，其学术活力遭到阉割，很难有大的创新。
古文经学的崛起与今古文经学合流
相反，古文经学由于没有太学中的种种限制，反而获得了巨大的发展空间。
皇帝为平衡不同学派之间的关系，光武帝、汉章帝等人都曾给古文经学以巨大支持。东汉古文经学阐释体系不断创新，涌现了如郑兴、郑众、贾逵、马融、许慎、郑玄等诸多学术名家。同时，古文经学家在发展自己的阐释体系时，也主动迎合皇权的需求，将古文经学也纳入官方意识形态体系之中。比如，古文经学家贾逵就曾用古文经学来论证汉朝皇帝血统的神圣性。到东汉后期，虽然今文经学依然占据着太学博士讲席，但就其学术影响力而言，已经弱于古文经学。
而且，在经历了两汉四百余年的纷争之后，今古文经学之间也相互渗透。无论是今文经学，还是古文经学，在与对方辩论过程中，都需要了解对方的理论体系。在往返论辩过程中，双方难免会相互影响，相互吸收。最终到东汉末年，出现了打通今古文经学的郑学派，即郑玄开创的学派。之后，在曹魏又出现了由王肃开创的王学派，同样以融通为特点。就这样，两汉今古文经学也随之落幕。到曹魏重建太学之后，今古文经学都退出了太学讲席。两汉今文经学中，除了《春秋公羊》、《小戴礼》之外，基本都失传了。（也有人认为《韩诗》并未完全失传，今传《韩诗外传》即属于该学派的作品）