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玄奘在洛阳仪鸾殿与太宗李世民交谈时，提出一个愿望：希望在嵩山少林寺翻译佛经。
李世民闻听，想了想说：“译经不必在山林之地吧。法师西行后，朕为穆太后在西京造有弘福寺，那里的禅院非常幽静，法师可以在那里译经。”穆太后是李世民的母亲窦氏，谥号太穆皇后；西京即长安。李世民此举，实则是希望将玄奘留在身边。
玄奘见太宗如此挽留，不便推辞，便答应下来。
贞观二十二年（公元648年）夏，李世民在位于京兆府宜君县（今陕西铜川西北）的玉华宫避暑。此处远离政务繁杂的长安，山林茂密，环境清幽，颇有禅意。太宗又想起了玄奘，于是派人前往长安延请。玄奘启程后，李世民心念甚细，多次派遣使者沿途迎候，并叮嘱法师不必急于赶路，以免劳累。玄奘抵达玉华宫后，太宗与其叙谈，由重臣长孙无忌和褚遂良等人作陪。当太宗得知玄奘自归国以来已翻译了数百卷佛经，其中还包括卷帙浩繁的《瑜伽师地论》一百卷时，非常高兴，还虚怀若谷地向玄奘请教了《瑜伽师地论》的义理。
此前，玄奘在弘福寺译经期间，由其口述、弟子辩机执笔，完成了《大唐西域记》十二卷。书成后，经玄奘请求，李世民为其作781字的《大唐三藏圣教序》（《圣教序》）。
当时身为太子的李治拜读了《圣教序》，深受触动，也撰写了一篇《大唐皇帝述三藏圣教序记》（《述圣记》）。这篇《述圣记》写得颇为出色，不仅言辞恳切地颂扬了父亲的功德，同时高度赞扬了玄奘的贤德与贡献。文末，李治还谦逊地表示，《圣教序》是“照古胜今，理含金石之声，文抱风云之润”，而自己的《述圣记》与之相比，不过是“轻尘足岳，坠露添流”罢了。
同一年（公元648年），太子李治为报答已故的母亲文德皇后（长孙无忌的妹妹长孙氏），在长安宫城以南的晋昌里建造了大慈恩寺。当年十二月，李治正式恭请玄奘出任大慈恩寺首任上座。玄奘遂从弘福寺移锡大慈恩寺。永徽三年（公元652年），即李治（唐高宗）继位的第三年，玄奘为妥善保存从西域带回的大量经书、佛像和舍利子，奏请在寺内建造一座五层高塔，此塔便是如今闻名于世的大雁塔。塔成后，玄奘在塔南门两侧立下两通石碑，分别镌刻着由褚遂良书丹的太宗《圣教序》与高宗《述圣记》。这两篇序记及其书法，也成了后世推崇备至的书法名篇。
显庆二年（公元657年），即唐高宗李治继位后的第八年，李治颁布了《建东都诏》，随即携皇后武则天移驾东都洛阳。