里下河地区湖荡滩地的成规模开发，是始于明代中期弘治初年。明成化二十三年（1487），一代名臣丘濬著成《大学衍义补》并进献朝廷，书中收录有一封涉及里下河屯田的奏折：“水田惟扬州最贱，陆田惟颍寿为轻，且地在两京之间，相距略等……臣请于淮南一带，湖荡之间，沮洳之地，芦苇之场，尽数以为屯田。遣官循行其地，度地势高下，测泥涂浅深。召江南无田之民，先度地势，因宜制便……”

从奏折中可以看出，明代成化朝之前，里下河的湖滩沼泽还没有得到充分开发。弘治朝时期（1488—1505），由官方主导，征召江南无地农民，在扬州府湖沼芦荡之间拓荒开垦，兴化垛田的堆积形成，应该是始于这一时期。

此后在兴化得胜湖区，可以用于农业生产的田亩日益增多，最终引发官方的关注。《万历兴化县新志》记载：明代嘉靖四十一年（1562），兴化知县程鸣伊清丈田亩，“尽将得胜等湖六十四荡湖心白水复行丈量，踏出湖田一百八十三顷九十六亩有奇”。

需要说明的是，明代嘉靖十七年（1538），由巡按御史洪垣与兴化知县傅珮共同主持，已经对兴化县田亩进行过一次较为仔细的清查，而在此次清丈之后仅仅24年，知县程鸣伊再次丈量，结果就多出来将近2万亩的“湖田”。如此数量的湖田，其形成时间应当是在嘉靖十七年的清丈之后，一方面得益于黄淮泥沙在兴化湖荡中的快速淤积，另一方面也是兴化先民付出艰辛劳动之后的成果。

“六十四荡”，即著名的“莲花六十四荡”，地处兴化县城东南郊得胜湖区。明代中后期车路河逆流往西，在得胜湖附近与兴化运盐河相交汇。《万历兴化县新志》记载：“运河，运盐河也，南去县治四十五里，接高邮州河口镇之丰乐桥北，去县六十里接邹庄至盐城界铺。车路河，在县治东二十里，由丁溪场入得胜湖，下运盐河。”车路河自海滨盐场来，河水富含盐分；运盐河自淮扬运河来，汛期时河水浑浊，富含黄淮泥沙。泥水与咸水相汇合后，水中泥沙极易沉积，因此得胜湖区“六十四荡”等处也就成为黄淮泥沙淤积较为严重的区域。

我们有理由相信，明代中后期在得胜湖区“六十四荡”里新近淤积而成的湖田，它们就是兴化垛田的前身之一。事实上，这些湖田就是在“藕池葑埂”的基础上改造而成，只要继续在其上堆泥积土，湖田就会增高为可供耕作和居住的垛田。

关于垛田名称的涵义，《民国续修盐城县志》解释说：“水中积土谓之垛。”水中积土的过程也就是罱积河泥的过程，明代兴化阁老吴甡《筑场吟》诗：“漉取河下泥，增筑岸边土；不患河水深，但愁秋夜雨。”

明清时期，里下河一带有官方组织的罱泥，主管的机构称为“浅铺”，撑船罱泥的人称为“浅夫”。明代《隆庆高邮州志》记载：“计照浅铺一所，仍置浅船四只，编定浅夫八名，审立浅长一人，每夫二名领船一只，更置竹罱、木掀、篙、棹等物，一人舣棹，一人揽泥，朝罱一船，暮罱一船，俱令发于岸上。”

如此日复一日，年复一年，河泥堆积在垛子上，土垛日渐抬高，最终成为高耸如小岛般的垛田。