南京港是国家综合运输体系的重要枢纽，近年来港口功能布局不断完善、区域枢纽地位不断巩固，但对标“水运江苏”的战略布局，功能定位、航运能力、设施条件等，需进一步提升。
建议充分发挥长江南京以下12.5米深水航道效益，实现大型船舶全天候双向畅行。布局“一江两岸、枢纽引领、智慧联动”的航运功能集聚区，重点推动龙潭港区六期、七期工程，新生圩码头改扩建等项目建设，提升港口接卸能力，完成集装箱码头智慧化改造升级。
强化南京近洋航线始发港地位，继续巩固加密日本、韩国、远东、东南亚等近洋航线。持续深化内贸干线“Y”型布局，实现南京港口内贸干线对环渤海湾和粤港澳大湾区主要港口周班航线全覆盖，构建南京港联通区域内河港口的公共支线体系。
系统推进多联通道网络建设，构建“大通道、大枢纽、大网络”高效运输体系，重点打造沿江铁水联运通道，向东形成衔接国际近远洋航线的海向多式联运网络。
加快下关、江北航运物流服务集聚区建设，积极培育和引进中高端航运服务业企业，吸引马士基等国内外知名航运组织入驻，推进航运总部经济发展。