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2020年，党中央作出“整体谋划、系统重塑、全面提升，织牢织密公共卫生防护网”重要决策部署。
疾控体系是保护人民身体健康、保障公共卫生安全、维护经济社会稳定的重要保障。三年来，武汉市以改革完善疾控体系为重点，加快补齐公共卫生短板，为千万人口超大城市筑牢安全防线。
系统重塑疾控体系。市、区卫生健康委（局）挂牌设立疾病预防控制局，设立公共卫生总师。全市健全以市疾控中心为核心、区疾控中心为枢纽、全市医疗机构和社区卫生服务中心（乡镇卫生院）公共卫生科为网底的紧密型疾病预防控制三级网络。
全面提升服务能力。大力推进市、区疾控中心新改扩建项目，总建筑面积增加11.3万平方米。实验室设备新增2600余台（套），新开展实验室项目800余项。市疾控中心综合实验楼集P3实验室、动物实验室及应急演练基地于一体，具备“一锤定音”的检验检测能力。各区疾控中心实验室，仪器设备均按照国家标准配置齐全，具备辖区常见危害因素和传染病快速检测能力。全市组建由卫健、公安、通信、民政、街道（社区）等组成的385支精准流调队伍、1000余人的消杀队伍以及1780人的疫苗接种队伍，常态化开展应急演练和值守，一旦发生疫情，可快速响应，实现平急转换。
创新医防协同机制。建立疾控机构和医疗机构新（突）发传染病监测预警与风险研判工作机制，在市疾控中心和6家市属医院试点开展联合查房、传染病会商分析、风险预警、可疑病例、临床异常现象讨论报告等。建立医疗机构公共卫生领导小组制度，挂牌成立武汉市医疗机构公共卫生质量控制中心，指导督促医疗机构落实公共卫生责任，每季度开展医疗机构公共卫生质量专项督导检查。明确市金银潭医院、市肺科医院作为市疾控中心临床基地，开展交叉轮训、互派学习。
加快推进数字赋能。推动“数字健康”基础设施建设优化升级，建设公共卫生云、基层医疗云、医疗服务云、药事服务云、中医药云等5朵业务应用云，形成统一权威、互联互通的全民健康信息市区一体化平台和健康医疗大数据中心。建成市级卫生应急指挥系统，全面整合913家在汉医疗机构、25个委办局数据，与国家、省、市47个系统实现数据互通，将卫健、公安、民政、政务服务等多个领域系统数据“合拢”，实现调度指挥“一网全覆盖、一令达基层”。