抗战时期，章乃器受第五战区司令长官李宗仁的邀请前往安徽工作，先后担任省政府委员、省动委会秘书等职。1938年3月中旬，章乃器改任安徽省财政厅厅长。他经过深思熟虑，采取了一系列有效措施。
首先，他争取到“上级支持”：请李宗仁在省务会上郑重宣布了铲除贪污、杜绝浪费的方针。同时，由李宗仁以省政府主席兼保安司令的名义，给全省的专员、县长和保安团长发通知，宣布贪污有据、浪费严重和扣留应上缴的税款、公款的人员，一律按军法惩处。
接着，章乃器宣布，省财政情况在省务会议中彻底公开，打破过去财政部门用款优先的“近水楼台先得月”的陋习。
后来，章乃器组织人员查出原教育厅厅长杨廉在留学生经费和学校建筑经费方面贪污了大批钱款，当即向国民政府报告，要求通缉杨廉归案法办。蒋介石见众怒难平，立即派人在四川将杨廉捉拿。
章乃器曾当众揭露保安处处长丘国珍的“吃空饷”行为。章乃器考虑，丘国珍身居保安处处长要位，中将军衔，又是李宗仁的心腹，如果私下告知，后果难测，不如当着李宗仁和众人的面公开，这样就能使丘国珍难逃责罚。
没过几天，章乃器、丘国珍等人参加李宗仁主持的抗战形势分析会。章乃器主动发言，他语出惊人：“章某预言，我们的抗战一定会取得最后的胜利！”看到大家目光向他聚集，章乃器接着说：“因为我们中国人是打不死的！”这样的高谈阔论，让大家面面相觑，不知何意。
李宗仁问道：“章厅长此说依据何在啊？”章乃器指着丘国珍说：“李主席不妨向丘处长请教，他可是有让死人复生的本领呢！”说完，他从公文包中取出若干份花名册分发给众人：“诸位请看，花名册中做了记号的这些人，据报上公布，他们都已阵亡，现在却全部复生了。丘处长真是功德无量啊！”证据确凿，李宗仁看到这种情况，不得不当面训斥丘国珍，并表示要重重责罚。
章乃器还通过各种人脉关系，特别是和国民政府财政部部长孔祥熙的关系，以战区田赋免征为由，争取到国民政府同意拨款600万元补助安徽地方财政。在章乃器的精心运作下，通过开展“铲除贪污，节约浪费”运动，安徽的财政状况迅速得到了改善。
安徽省财政厅曾报省政府会议：拟按每月3万元的标准补助新四军，有人竭力反对。章乃器力排众议，最终得到李宗仁、廖磊的同意。
有一段时间，国民党CC派（以陈果夫、陈立夫兄弟为首的在国民党内的一股势力）分子和新桂系顽固派的爪牙奉命对新四军实行封锁，阻挠物资采购。章乃器得知后，立即通知新四军，今后购买物资如遇困难，可告知省财政厅代为采购。章乃器考虑到新四军缺医少药，便通过省财政厅的战时工作团，以慰问前方将士的名义，多次给新四军驻地送去“金鸡纳霜”（奎宁）等急需药品。
1938年12月，由安徽省动委会举办的安徽省政治军事干部训练班分为民政和财会两个组，财会组主要由章乃器负责，学员由财政厅分配到省直货物检查处及各县财政科、税务稽征处工作，使财政和税收系统成为进步青年的集中场所，其中不少是中共地下党员。这些青年后来大部分都转入新四军，中华人民共和国成立后，不少人还担任了财经部门的高级领导干部。
章乃器就任省财政厅厅长后，在短短几个月的时间内，就使安徽财政从濒临破产转入收支平衡并略有结余，然而，蒋介石对他依然不放心，想调虎离山。
1938年夏，章乃器去武汉时，蒋介石当面提出要章乃器留在中央任三青团的干事和工业合作协会的总干事，并调动一些人来说服他。章乃器一面告诉在武汉的李宗仁，请他出面反对；一面电告安徽省政府，让他们来电催自己回去。结果，蒋介石的目的没有达到。
（据《人民政协报》）