代理国库经收是维系国家财政体系与金融体系高效运转的一道关键枢纽。商业银行作为国库资金归集的“第一站”，架起了税务、财政、海关等政府部门与企业、个人之间的桥梁，承担着各类税收、非税收入等款项的收纳和划转工作，保障预算收入能够及时、准确、安全地缴入国库。
厦门农行始终以保障国库资金安全高效运转为己任，在总行、分行设立专业服务团队，构建“总行-分行-网点”三级穿透式垂直响应机制。在问题处理方面，厦门农行建立了科学的分级处置机制。对于常规问题，管理服务团队快速评估后立即提供解决方案；遇到复杂问题时，网点及时上报分行，联动技术人员在2小时内解决问题；一旦出现重大异常问题，分行直接协同总行业务部门及研发中心，分别从业务和技术层面进行深入诊断，确保重大异常问题在24小时内得到妥善解决。
近年来，厦门农行全力推进数字化转型。在税费缴纳领域，2021年至2022年，农业银行总行进行国库系统重构，重塑业务流程，打造智能化数字国库信息系统，实现优化入库流程、跨省异地电子缴税、打通多元化缴税缴费渠道、业务实时监控等功能。2024年，厦门农行全年实现税费扣缴总笔数近114万笔，总金额近260亿元。
在非税缴纳领域，2022年，根据厦门市财政局要求，厦门农行通过总行、分行以及跨部门的紧密联动，历经两个月全流程联调测试的攻坚克难，最终于2023年1月成功落地，成为四大行中首家成功对接厦门非税收入收缴管理系统的国有银行。2023年8月至10月，按照人民银行厦门市分行的部署，厦门农行开展非税TIPS缴库功能测试，顺利实现非税资金从收缴、划转至入库的全链条自动化处理，为统一厦门辖内非税收入入库模式、强化监督管理、提升国库业务处理效率发挥了积极的作用。