朱熹留在石洞书院的摩崖石刻共有两处，一为洞门崖壁上的“石洞之门”，落款为“朱熹书”；一为溪边石几上的“流觞”二字，今已经漫漶不清，但犹可揣摩辨识。有关这两处题刻，《石洞贻芳集》中有郭锺儒的记载：“洞门去书院西北百步许，两崖罄折而峙，游者不知所从入也。朱夫子于崖之当阳处大书‘石洞之门’四字……月峡之中，涧水湍洁，游人每列次对坐，泛杯中流。风来则杯自溯流而上，视其停处为献酬。朱子嘉其出于天然，因即涧刻‘流觞’两字以识美。”朱熹平生喜山乐水，极富审美情趣，史书称他“闻有佳山水，虽迂途数十里，必往游焉。携樽酒，一古银杯，大几容半升，时饮一杯。登览竟日，未尝厌倦。”石洞书院后的峡谷风光绝佳，朱熹到访书院时必去，其清澈的涧水曲折而去，涧旁有石如几，是天然的曲水流觞之所。更妙的是，月峡有熏风南来，羽杯回旋，溯流而上，恰停于诗人座几之前。于是，朱熹在其座几下刻“流觞”两字以志其妙。
朱熹晚年题刻落款多用考亭或晦翁，此摩崖石刻落款朱熹，大致为隆兴元年（1163）或淳熙八、九年（1181—1182）间所书，具体时间还有待考证。旧志云“今石洞摩崖……犹得见之”，说的就是朱熹篆书“石洞之门”等摩崖石刻。
庆元五年（1199）春夏间，诗人刘过访友到东阳，“往来石洞、清潭山谷间，盘薄邑里”。他为石洞书院写诗20余首，诗中提到朱熹和楼钥的书法：“峥嵘晦翁字，突兀大参碑。”可见，当时朱熹的大字已经上石，楼钥的书法也已刻成碑。此后，元明清历代诗人在游历石洞书院时不断提及朱熹的洞口摩崖，如“向闻朱子洞门开，愿切寻津搁泛杯。昭代薪传何所衍，悬崖题壁许思裁”（杜惟熙《游石洞私淑吟》）、“崖开自凿龙门手，篆古犹铭鹿洞贤”（郭时教《石洞书院》）、“翠壁千年题字旧，飞涛六月扑衣寒”（卢光明《夏日游石洞》）、“飞觞碧涧余芳躅，峭壁留题对讲台”（郭钟珽《题石洞》）、“先贤壁上镌题在，手拂苍苔仔细观”（李振声《游石洞》）、“紫阳题洞门，引我溪流入”（郭燦《石洞汇胜》）等。
石洞书院是否还有朱熹的摩崖石刻已经不可考了，“石洞之门”崖刻风化还不严重，其落款“朱熹书”三字依稀可辨认。倒是月峡内的“流觞”二字因流水侵蚀，风化剥落严重。