庆元四年（1198）正月，朱熹大病，将生平著述交付弟子黄干。而党禁正愈演愈烈，“伪党”的罪名升格为“逆党”。七月，吕祖谦的弟弟吕祖俭受牵连贬谪吉州；八月，朱熹弟子蔡元定因“伪学之禁”受牵连，被贬道州，卒于贬所。当时，士大夫大都怕受牵连而避之不及，一些弟子或闭门或远遁以避祸，这一年，石洞书院创办人郭钦止之子郭津（字希吕）却将朱熹、叶适、楼钥三人一起邀进石洞书院，可见其胆识与远见。
当时，东阳县令尤概的父亲尤袤与朱熹是同年进士，更是相知相契的挚友，朱熹到东阳可免除不少因党禁带来的麻烦。
还得从庆元四年（1198）十一月十四日叶适写的《石洞书院记》说起。记后，有朱熹弟子曹彦约于嘉定十六年（1223）正月题写的跋。跋文云：“此郭氏《石洞书院记》，叶水心之所作，楼攻媿之所书，朱晦翁之所题，为当代三绝矣。希吕继先志而述其事，求其文与笔而皆得之，近无此比。然方庆元戊午之冬，党论方炽，士大夫恐挂名三公间，若将浼己。希吕独于此时不以冷暖随世道，取三公于摒弃中，而曰‘吾欲为门户，重资章甫而适越人，当笑之而居之不疑’。其高见远识、笃信好学，余子万万不侔也。”
这段文字佐证朱熹应郭希吕之邀，居住在石洞书院，并为之题写“石洞书院”等字。即《石洞书院记》为叶适撰文，书写的是楼钥，朱熹则为书院题额，被称为当代“三绝”。可惜，如今朱熹题写的石洞书院匾额、楼钥的碑文书法都不见了。朱熹极擅榜书，文天祥称其书与颜真卿书一样有“忠臣骨”，字体刚健又富书卷气。庆元年间有朱熹的《千字文》榜书拓本留传至今，石洞书院匾额可依此恢复。
郭希吕此前曾请朱熹写石洞书院的记，并题写书院匾额，朱熹认为“记文篇牓，尤是外事，但此等意思，即见浮浅外驰之验”。朱熹还对石洞书院的经营建议：“书院规模，且随力为之，却就事实上考察整理，方见次第，不须如此预先安排。”这时，叶适写好了记文，朱熹自然无再写记的必要了，但为石洞书院题字也就当仁不让了。
朱熹还为郭宅郭氏宗祠题写过“理学名宗”的匾额。1942年，日寇侵扰郭宅，南湖边的宗祠被焚，朱子墨宝随之而毁。根据村里老人郭文周20年前提供的资料，郭氏宗祠的匾额有落款“七十老人朱熹识于考亭之南窗”，则匾额是朱熹回闽后于庆元五年（1199）为之书写的，次年朱熹就去世了。今磐安尚誉蔡氏也有朱熹题写的“理学名宗”匾额，与郭宅的匾额字体风格相同。据说，歌山郭氏宗祠的“万水朝宗”匾额也是朱熹题写的，可惜也被毁，无照片存世。