杭州不少街巷的名称，都蕴藏着南宋临安城的辉煌。作为考古学家，杜正贤从地名上受到启发，由此揭开了南宋太庙遗址的面纱。
那是1995年的一个春日，杜正贤爬山时看到山脚下在拆迁，该区域正好是太庙巷一带。于是，他赶紧下山前往拆迁现场察看。一个月后，南宋太庙遗址考古启动。在此后的发掘中，考古人员发现了南宋太庙的东围墙、东门址及大型夯土台基等重要遗迹。“条石砌墙、散水设施、门砧瓦当……一件件古建筑遗存重见天日，设计之精巧、制作之精致，令人惊叹。”杜正贤回忆说。
太庙遗址的发现不仅是南宋临安城考古的重大突破，也是我国城市考古史上的一件大事，因为此前可以看得到的封建王朝太庙只有明清时期太庙。南宋太庙遗址后来回填保护，地面修建成太庙遗址公园。
敏锐、耐心，被杜正贤视为考古人的重要特质。
1996年，杜正贤偶然得知杭州上城区凤凰山与九华山之间发现古瓷片。出于职业敏感，他带领同事进行考古发掘，结果发现了龙窑、素烧窑、作坊等遗迹，出土了大量窑具。杜正贤根据文献记载，结合发掘情况，提出老虎洞窑址是南宋修内司官窑遗址的观点，得到业界普遍认同。
官窑对残次品管理严格，一般都要挖坑掩埋。杜正贤决定再往下挖，结果真的发现了南宋层瓷片堆积坑，出土大量可拼对成型的瓷片。这次考古，揭露了老虎洞窑址的全貌，展示了南宋修内司窑的生产流程，意义重大。
南宋临安府治遗址发掘也是配合旧城改造工程进行的，为国内首次府治遗址考古发掘。遗址是一组以厅堂为中心，前有庭院，后有天井，周围有厢房和回廊环绕的封闭式建筑群。
“由于临安府地位特殊，府治也格外壮观华丽，规模宏大，用材高档，营造十分考究。”杜正贤介绍说，对照临安府图纸，开间大小与考古发掘实际惊人的一致。
在考古第一线20多年，杜正贤共参与60多次考古发掘，其中南宋太庙遗址、南宋临安府治遗址、老虎洞南宋官窑遗址、恭圣仁烈皇后宅遗址和严官巷南宋御街遗址考古发掘先后入选不同年度的“全国十大考古新发现”，杭州也成为一个朝代里获得“全国十大考古新发现”最多的城市。