因涉嫌职务违法犯罪，刘本芳申请辞去曲靖市人民政府副市长职务。根据刘本芳的辞职申请，按照《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第三十二条和《曲靖市人民代表大会常务委员会任免地方国家机关工作人员办法》第二十五条的规定，经曲靖市第六届人民代表大会常务委员会第二十一次会议审议决定：接受刘本芳辞去曲靖市人民政府副市长职务的请求，并报曲靖市人民代表大会备案。