农村地区是生态系统的重要组成部分，良好的生态环境是农村可持续发展的基础。通过农村“两污”治理工作的开展，可以保护农村生态系统的平衡和稳定，这不仅关乎农民的生活质量和健康，还关乎提高农村环境质量，更关乎建设“美丽乡村”。
过去，由于农村“两污”治理设施建设相对滞后、缺乏运行维护人才、缺乏有效的治理措施等原因，部分农村地区的污水直接排放、垃圾随意丢弃，造成了环境污染和卫生问题。随着建设“美丽乡村”的深入推进，当前农村“两污”治理取得了长足的进展，但依然面临一些挑战。一方面，农村建设污水处理设施和垃圾处理系统投入缺口依然比较大；另一方面，农村群众的环保意识、生活习惯和行为方式与“两污”治理的要求还有较大差距。这需要政府、社会和群众共同努力，形成“因地制宜”的合力。
着力政策，因地制宜赋能。为进一步推进农村“两污”治理工作，贯彻落实‘生态宜居、治理有效’工作目标，各级政府应加大政策支持和资金投入，鼓励企业、社会团体合力出资出力，建立有效监管机制，不断完善农村建设污水处理设施和垃圾处理系统。
着力社会，因地制宜创新。加强全社会农村“两污”治理方法创新，推广适用的治理技术和模式。结合农业生产、农田灌溉回用、生态保护修复和农村环境景观建设，将农村“两污”治理与农村生态、农业生产、农民生活紧密衔接。有的地方因地制宜在没有污水管网的农村，采用“小三格”化粪池处理污水，实行自主清掏，直接还田；在建有污水管网的农村，可采取污水经过“小三格”，尾水直接进入管网系统，再进入终端“大三格”以生物净化的方式让尾水最终用来还田。
着力群众，因地制宜共建。在部分乡村，群众环保意识较弱，农村基础设施建设资金缺口大、涉及面广、工作量大，引导农民群众广泛、积极、长期参与，自下而上调动农民发展的内生动力，是把好事办好、实事办实的关键。各行政村可设立村民自治组织，负责“两污”治理管理工作，最大程度实现其“话语权、决策权、实施权、监督权”，安排专人长期开展“两污”治理工作，且要让行政村有资金长期保障“两污”治理工作，以此不断激发群众参与工作的热情。